许崇智受命调度与守军谈判,四面受敌的张树元派人与东北军接洽。张树元表示,他向来钦佩孙中山先生,对先生派居正组织中华革命军东北军讨袁,十分赞成。双方经过多次磋商,于1916年5月15日签订了《潍县两军议和规则》。5月25日,张树元率第五师退出潍县城,移驻城北庞家庄。第五师撤退时,将中国银行所存银币20万两、电报局机械重器抢运一空,所有账簿尽皆焚毁,未兑现“只要有利于东北军讨袁的事,尽量协助”的承诺。

宣传组秘密进城　被捕后受到优待
　　居正部署四面围住潍县城,许崇智受命调度与守军谈判。5月4日攻城前,东北军宣传组提前潜入城内,秘密散发传单,劝告第五师官兵反正。张树元被困“囚城”,失去外援。南方蔡锷护国军声势浩大,山东的东北军与之遥相呼应,张树元见大事不妙,遂派参谋陈滔出城与东北军接洽。
　　东北军司令部机要秘书钟冰接待了陈滔等二人,陈滔希望东北军派人进城与张树元当面详谈,承诺保证谈判人员的安全。为表诚意,陈滔提出自己陪同进城,另一代表留在东北军司令部做人质。许崇智听了钟冰汇报后,决定由秘书长萧汝霖带钟冰随陈滔入城谈判。
　　萧汝霖、钟冰进城后,被安顿在第五师招待贵宾的一处房子里。大约半小时后,东北军派出第一宣传组的杨怀仁和徐俊满面笑容走进来,把一件封好的信交给萧汝霖,信中称:“我们第一宣传组十二人被敌军逮捕后,真优待,吃住都在陈参谋家里。后来给我们每人一张通行证,写着参谋处外勤组。陈参谋说明,可以每三人为一组,每组带胡琴小鼓扮成卖唱的,准许我们到老百姓家里串门,一面唱小曲,一面非正式宣传。在哪天出城,由敌军决定……”
　　当晚,在里院的小客厅,身着蓝缎皮袍的张树元与萧汝霖、钟冰见面。张树元称,他向来钦佩孙中山先生,对中山先生派居正组织中华革命军东北军讨袁,十分赞成。只是袁世凯在他身边安排了几个心腹,如果即时反正,可能弄巧成拙。他表示,只要有利于东北军讨袁的事,尽量协助。然后,取出一册小笔记本指给萧汝霖、钟冰看,钟冰边看边进行了抄录。临走时,张树元确定了双方联络的方式。

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东北军宣言　(1916年5月25日)
　　中华革命军东北军总司令居正,奉前大总统、中华革命军大元帅孙命令,督率东北各军,声讨国贼,保障共和,用莅齐境,暂住潍城。特宣明昭告中外,著于左篇:
　　第一,本军以袁世凯背誓叛国,违法殃民,认为国民公敌,特与西南各省护国军互相呼应,一致讨贼。从袁诸将吏士卒,诚心向顺者,皆置勿问,论赏以功。
　　第二、本军尊重民国元年约法,怀爱五族,遵用五色国旗。
　　第三、本军克复地方,暂行军政,人民生命财产,一律依法保护；地方安宁秩序,绝对维持。
　　第四、本军对于邦交,恪遵国际条例。凡在本军军政管理区内,友邦居留人士之生命财产,一体保护,但属战线以内者,不在此限。
张树元退军,失信抢掠物品
　　第二天一早,萧汝霖、钟冰回到杜家庄东北军总司令部。萧汝霖一脸兴奋地向居正、许崇智报告:“我们带来了张树元送的一份厚礼。”居正问:“张树元送的什么厚礼?”萧汝霖说:“第五师的全师兵马和武器。”萧随即将昨天与张树元谈话的经过详述了一遍。
　　钟冰翻开他的笔记本补充道:“第五师有两个步兵旅,一个炮兵团,一个骑兵团,一个混成团,两营辎重兵,两营警卫兵,一个工兵营,还有60多人的军乐队,全师官兵共有9800多人,名册都交与我们带来了。步兵、骑兵用的枪都是汉阳兵工厂制造的,每支枪平均有300发子弹。此外还有大炮和机关枪,英国造的、德国造的都有,也有杂牌的。炮弹、机关枪子弹和车、马有多少,以后补报。他忠告我们攻进潍县等各处地方后,凡是第五师的旧部都要立即改编,改编工作越快越好,越彻底越好,不要留一名旧军官,营混子(即老兵)要完全遣散。在收缴武器时,要严格清查留存子弹的数目,以防他们出卖子弹给土匪。”
　　钟冰还说,张树元决定择日秘密离开潍县,他的安全和离开的方法,都安排好了。张树元要求东北军几天后开始猛攻,他密嘱心腹会同绅士、商会代表出城投降。
　　双方经过多次磋商,于5月15日签订了《潍县两军议和规则》,共15条。其中约定,5月23日正午前第五师完全退出潍县城；第五师各队携带全部军械、军需、军用品退出潍县城时,两军皆不得发炮,若有袭击等事,仍视正式攻击。
　　5月23日,开城最后期限已到,张树元却以“开拔事未办治”为由拖延。许崇智派人再三交涉,张树元方在两天后率第五师移驻城北庞家庄,知县张汝钧随之而去。第五师撤退时,将中国银行所存银币20万两、电报局机械重器抢运一空,所有账簿尽皆焚毁,城西兵营建筑破坏殆尽。张树元“只要有利于东北军讨袁的事,尽量协助”之诺,并未兑现。

东北军入城,安民心整军队
　　守军第五师撤出城外的同一天,中华革命军东北军以总司令居正名义发布《东北军宣言》,开始接收潍县城。5月26日,东北军司令部移往城内。上午11时30分,东北军举行了隆重的入城典礼。
　　入城前,潍县名绅丁叔言等人以地方代表身份出城,到东北军总司令部陈请革命军入城。丁叔言来到杜家庄,见哨兵身着便服,头戴草帽,草帽上束一白带,上书“中华革命军”,感到非常奇特。到了司令部,副官处副官长凌连城接见了丁叔言,并以啤酒招待,两人相谈甚欢。
　　11时20分许,礼炮接连鸣响,20名年轻士兵高举20面大旗率先进入潍县城南门,紧随其后的是步兵、炮兵、骑兵队伍,居正、许崇智等将领骑马走在最后。大路两旁,一些中小学生和百姓手持写有“欢迎中华革命军”等字的小旗,不断高呼“欢迎中华革命军”、“欢迎居正总司令”。参与布置欢迎现场并安排东北军进驻后事宜的丁叔言,目睹入城仪式后感慨,其“服装并不齐整,革命军人,重精神不重形式也”。入城队伍沿南门大街北行,经县府大街来到丁家花园,即今天的十笏园,东北军总司令部移驻于此。
　　潍县战事甫定,居正着手谋划西取济南,许崇智则协助全力进行军务和地方整顿。许崇智率领参谋处人员,拟定总司令部机构、人员配备方案,部署驻守潍县第五师留用人员的改编；委派邓葆麟为潍县军务知事,督促地方各界成立临时县议会,公推老同盟会杜佐宸为议长,以协助军事,维持地方,畅达民意；组织四个工作组,分赴各县视察,并处理临时工作。
　　26岁就任陆军第十四师师长和福建北伐军总司令的许崇智,作为居正的得力助手,任期内恪尽职守。期间,他两次到上海向孙中山汇报东北军情况。两个月后,居正赴京谈判,许崇智代理东北军总司令。