居正出发晋京,许崇智代理总司令。作为参谋长的蒋介石,受孙中山之派辅佐许崇智来潍主持东北军军务。肩负中山先生重托,一心向上的蒋介石对于自己的职责丝毫不敢怠慢。在赴京途中的居正,也发电嘱托蒋介石以竭力整顿军队为首要。蒋介石整军13天,可以称得上是“恪尽职守”。可蒋介石为人太傲气,且性倔强,处事偏执,其在潍整军期间诸多言行和作为“惹起众怒”,不得已,悄然引去。

各队出操时须先施五分钟柔软体操
　　1916年7月31日,居正出发晋京,许崇智代理总司令。刚刚到职的参谋长蒋介石,第一天就有人不断向他告状,称东北军部队在南流附近各村庄抢劫焚掠。经查,抢掠者系东北军第一师所属孟九浩部。年方29岁的蒋介石雷厉风行,马上下令第一师师长朱霁青严加查办。
　　东北军部队兵员成分复杂,素质良莠不齐。在青岛集结时,一部分是从东北招募的民间武装,俗称“马匪”、“红胡子”,一部分是山东当地的民军。随着战事的推进,又陆续收编驻军第五师的部分部队。“山东豪杰集胶州,乌合编成借箸筹,传檄先驰袁将胆,大兵西指历城头”,总司令居正在他的诗中,用“乌合”一词形容部队的状况。
　　作为参谋长的蒋介石,是受孙中山之派辅佐代理总司令许崇智来潍主持东北军军务的。肩负中山先生重托,风华正茂、一心向上的蒋介石对于自己的职责丝毫不敢怠慢。处理了一天的公务,晚饭后又立即带卫兵出城夜查。蒋介石出县城南门,过白浪河,至东围子操场附近一带巡查后原路返回,11点方回到丁家花园总司令部驻地。深夜,燥热难耐,昏暗的灯光下,蒋介石简略记下了履职第一天的工作。除了处理投诉、巡视城防外,这天他还发出了3项指令,布置了5项工作。
　　8月3日,赴京途中到达济南的居正,再次发电嘱托小他11岁的蒋介石:“以竭力整顿军队为首要。”蒋介石整军13天,可以称得上是“恪尽职守”。他每天到潍县、高密等地驻军视察,处理公务文件,发布整顿命令。在蒋介石留下的13篇日记中,记载发布的命令和通告14件,亲自检查发现“整改和整顿”的问题39个,大到军队操典、卫生,小到士兵着装、言行,甚至要求“兵卒不得身着军服在各铺户坐谈”。如此严格的要求,对这些“散兵游勇”来说,短时间有大的改观确实勉为其难。同时,规定“代理总司令命各队出操时,须先施五分钟柔软体操,以练筋骨”,就有些刚愎自用,过于“理想化了”。有学者认为,当时年轻的蒋介石虽然有振兴军力的创意,但这种积极有为的政治行动表现了方法太简单、为人太傲气,导致不能为众所容。有记载称,蒋介石“性倔强,躁而易怒,偶不惬意,辄暴跳如雷。处事则往往偏执一见,无他人置喙之地,故同僚常表恶感”,“众不能忍,群向孙先生告发”,“不得已,乃悄然引去”。
王贯忱抢女为妾,蒋介石擅自将其撤职
　　导致蒋介石“悄然引去”的还有一事。南京的副总统兼江苏督军冯国璋派代表李显模来潍,李是许崇智的老同学。李显模说冯国璋邀请许崇智到南京去,许崇智电报请示居正后,随李显模去了南京。临行前,许崇智向蒋介石说是到青岛看病,最多三天就回来。许崇智离开潍县当天,第一师第三团团长王贯忱抢了贾姓少女为妾,她的父亲控告到师司令部。师长朱霽青知道后,立即命令王贯忱将贾女送回,朱霽青又亲自到贾家代为道歉。
　　据称,蒋介石得知此事后,既没有详细调查,也不向秘书长萧汝霖、师长朱霽青征求意见,擅自以代总司令的名义将王贯忱撤职查办,提升营长凌印清为第三团团长。没想到王贯忱和凌印清是对天立誓的生死兄弟,接到命令后,两人请示朱霽青,朱霽青却不知此事是如何决定的。按规定,对于王贯忱的处分,须等总司令回来再定。朱霽青嘱凌印清私下问一下萧汝霖,萧汝霖也说不知道有这件事。朱霽青分析,代总司令不在潍县,一定是参谋长蒋介石主的事。
　　机要秘书钟兵回忆,王、凌二人从朱霽青处出来后,身带武器,率4名士兵,到总司令部找蒋介石。两人由警卫领到参谋处,随行士兵没有获准进入。值日参谋巴泽宪查看发文簿,发现没有记载此事,凌印清却说信封是参谋处的。见事情无下文,王贯忱火刺刺地问:“蒋参谋长呢?”巴泽宪见两人状态不正常,便谎说蒋参谋长去了昌乐。王、凌二人离开后,巴泽宪马上派人报告了蒋介石。据说,蒋介石因此而躲避了几天。
　　此前,蒋介石与王贯忱就有过节。整军期间,第三团的中下级军官对于士兵们的训练很不积极。蒋介石由此对“匪性十足”的团长王贯忱有很深的成见,两人当面争吵过两次。一个月后,不愿接受北洋政府编遣的王贯忱在济南遇害,1924年被追授为陆军少将。蒋介石则于8月12日留下“整顿无术,号令不行,奈之何哉”的日记,黯然离开潍县。
　　蒋介石在潍整军期间诸多言行和作为“惹起众怒”,但长蒋介石一岁的许崇智并没有责怪,反而在一年后与蒋结为拜把兄弟。居正却同到潍时间不长的蒋介石产生了间隙,后来两人权位变化,分分合合。离开潍县13年后,居正因反对蒋介石而被囚禁两年。
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蒋介石在潍日记摘录
　　介石奉许(崇智)先生命,往第一师及第一、二各旅司令部视察及往会各司令官。(1916年8月1日)
　　接总司令由济南所发手谕——以竭力整顿军队为首要。(8月3日)
　　代理总司令派介石至西操场观操,飞行机试验滑走。(8月4日)
　　午前,代总司令派介石往于河头方面侦察地形。(8月5日)
　　每日所见,及时整顿,竭尽心力也。(8月6日)
　　代理总司令派介石往高密第二师,调查一切。
　　严格按操典施行操法,统一装备,均为当务之急。(8月8日)
　　第二师各团、队操法较为整齐,为严格施行操典之结果。
　　营房不齐,操场狭小,内务外场,较难整顿,是军防腐败所故,一时难以回天。(8月9日)
　　本军基础未定,整顿需时,如能上下一致,努力改正,则事尚非难也。
　　军队名册未报,则实员之数难知,饷项无度,其难一也。
　　装备之数不清,则种式难分,战斗力难知,一旦有事,计划难定。(8月10日)
　　盖吾军之将来无论为改编及解散,非经中央承认不可也……为国为民,终以早日解决为是。况受人胯下,种种肘制,不一而足。延宕一日,即为国家多被一日之患乎!　(8月11日)
　　代理总司令决派介石赴京,迎接总司令来潍。(8月12日)