郑玄是于建安五年(公元200年)去世的,享年74岁。这年春天,袁绍与曹操相争,暴发了史上著名的“官渡之战”之后,袁绍令其子袁谭强逼郑玄随军。郑玄纵已老迈,且疾病缠身,却也不敢抗命。不幸的是,他“载病到元城县(今河北大名),病笃不进(食),其年六月卒,(享)年七十四”(《后汉书·郑玄传》)。然而,曹操曾做诗,说郑玄“行酒伏地气绝”,即是在“行酒”的过程中突然跌倒猝死的,用今天的话则是非正常死亡。如此种种,郑玄死因引发诸多猜测。

被袁绍逼迫带病随军,途中郑玄不幸辞世
　　据《后汉书·郑玄传》记载,建安五年(公元200年)春天,郑玄曾作一梦,梦见孔子告之曰:“起,起,今年岁在辰,来年岁在巳。”睡醒之后,他“以籤合之,知命当归,有顷寝疾”。
　　“寝疾”,就是卧病。照理说卧病者应该静静休息调治；但很遗憾,他没有这个条件。因为此时,袁绍正与曹操相拒于官渡,一场“军阀”间的大决战即将开始。袁绍为了壮大己方的声势,遂令其子袁谭(时为青州牧),采取“绑架”似的手段,逼迫郑玄随军。郑玄迫不得已,“载病”上路。走到元城(今河北大名)时,他病情加重,已不能进食,遂于六月不幸辞世。
曹操称郑玄行酒时跌倒猝死,为非正常死亡
　　关于郑玄的死因,当时和后世都有人表示了怀疑。譬如鲁迅先生,在其《而已集》中曾说到:“曹操做诗,竟说是‘郑康成行酒伏地气绝’,他引出离当时不久的事实”。顺着这条线索,我们可以查阅《三国志·魏书·袁绍传》,在裴松之的注中,就会发现如下的几句话:
　　“《英雄记》载太祖作《董卓歌》,词云:‘德行不亏缺,变故自难常。郑康成行酒伏地气绝,郭景图命尽于园桑。如此之文,则玄无病而卒。”
　　从中可以看出,曹操认为郑玄是在“行酒”的过程中跌倒猝死的,因之这应该叫“无病而卒”,拿今天的话说,就叫“非正常死亡”。若果如此,则死因无非两个:一是有人投毒,二是郑玄本人饮酒过量引发了致命的疾病。不管哪个原因,人总是死在酒席上的,因此“作东”的袁绍当难辞其咎。
　　但是,曹操此人诡谲狡诈,世所公认,故又焉知此话不是他故意编造,意在栽赃于袁绍呢?
　　死后葬于剧东(今青州市郑母镇),后迁葬潍坊市峡山区后店村西。郑玄墓现在是山东省重点文物保护单位。墓前有清乾隆十四年镌刻的“郑康成先生之墓”石碑。墓西南有郑公祠堂三间。祠前阶东,立着金承安五年重刻唐万岁通天元年使承节所撰后汉大司农郑公之碑。阶前偏西,有一株老柏树,相传为郑玄手植,虽早枯死,但姿态如虬龙,尤可见当年气势。现在此地已成为一处著名的人文景观。

郑玄之孙在“高贵乡公”时代被司马昭鸩死
　　前文说过,郑玄唯有一子,名益恩,因救孔融而遇难。郑益恩之死无疑是郑玄的极大悲剧,但聊可自慰的是,益恩留下了“遗腹子”,使郑家的香火有了希望。郑玄翻看婴儿的小手,“以其手纹似己,名之曰‘小同’”。(《后汉书·郑玄传》)
　　据说,郑小同“少有令质,学综六经,行著乡邑,海岱之人莫不嘉其自然,美其气量”(见《三国志·魏书·三少帝纪》裴松之注引《魏名臣奏》)。在魏文帝时期,郑小同曾被拜为郎中,但他“长假在家”,并未莅任；齐王曹芳主政时,官至侍中；曹髦(máo)即位后,其更见信赖,常为髦讲授经业；甘露三年(258年)赐爵关内侯,诏为五更；但后来,在“高贵乡公”时代,却被狠毒的司马昭鸩死。因此郑小同应该是为魏国而尽死节的忠臣。
　　从民国版的《高密县志》我们知道,“高贵乡公”曹髦曾颁布过《养老诏》,《诏》中说:“关内侯王祥,履仁秉义,雅志淳固；关内侯郑小同,温恭孝友,帅礼不忒。其以祥为‘三老’,小同为‘五更’。”此处所谓的“三老”、“五更”,指的是当时各级政府所选出的致仕而德行兼备的老人,政府为之设专席,让他们帮助治理。王祥乃史上有名的大孝子,其故事妇孺皆知,而郑小同能与之比肩,此足见其德高望重。
　　另据耿天勤先生主编的《郑玄志》:“小同有二子,长子名慎修,次子名自修。慎修痛父以谏遭害,遗命后人终不仕晋。所以郑氏后代多躬耕农桑,隐居不仕。现在,郑玄嫡孙郑学善仍生活在潍坊市峡山区后店村,从事农业生产。”
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郑公祠
　　郑公祠位于潍坊市峡山区郑公街道后店村,砺阜山之南,峡山水库东岸,潍河即从郑公祠西侧北去。史书载,郑公祠位于潍水之曲,砺阜之阳,其东面、南面良田千顷,周围湖光山色,风景宜人。历史上“郑祠老柏”就是“高密八景”之一。
　　郑玄死后即葬于今青州市郑母店,后墓坏移葬今址,墓前有祠。当时郑墓周围7里内都是郑氏家族的墓区,即郑家茔。此后历代王朝亦都崇郑,并为其重修扩建祠庙。唐贞观、万岁通天年间,宋真宗时代,清雍、乾时期,以至民国,皆曾整修过郑公祠。此祠在乾隆年间颇具规模,分前后两大殿,殿堂气宇轩昂,全祠占地约80余亩,有房屋99间,高墙大院,草木茂郁,香飘烛照,古柏参天,环境着实幽雅。阳春清秋,盛夏雪冬,文人墨客多会于此。每年逢农历的三月三、九月九,祠院周边的百姓,则扶老携幼前来祭拜。
　　现祠前东西两侧尚存石碑两通,一为金永安五年(1200年)之《大金重修郑公祠碑记》,一为清乾隆六十年(1795年)之《重修郑公祠碑》。现存建筑仍保持其清末民国整修时原貌。