有了悬壶济世的想法,黄元御开始刻苦研读各种医学书籍。他最初学医,就是从张仲景的《伤寒论》开始的,然后逐步开始涉及《金匮玉函要略》,黄帝、岐伯《内经》,扁鹊《难经》等中医基本典籍。在行医过程中,黄元御不断总结经验,医术精进,医名大盛,时人将之与诸城名医臧枚吉并称“南臧北黄”。
苦读《伤寒论》,写成《伤寒悬解》
　　“讵读仲景伤寒,一言不解”,即使从小就打下了良好的国学功底,但初读《伤寒论》,黄元御还是看不懂。黄元御就搜集到自己所见到的所有为《伤寒论》注解的书,一句一句释读。
　　“岁历三秋,犹尔茫若,仰钻莫从”。三年时间过去了,黄元御竟然还是不懂。1737年,黄元御重新翻开《伤寒论》研读,他自己描述当时的情景是:“又复摊卷淫思。日落神疲,欹枕假寐。时风静月白,夜凉如水,素影半床。清梦一肱,华胥初回。”
　　三年多的时间,夜夜灯下苦读,一本《伤寒论》终于让他攻克。黄元御觉得以前别人注释的都不够完善,于是就想自己写本注释的书,也就是后来的《伤寒悬解》。至乾隆十三年(1748),《伤寒悬解》完稿,十四卷,这成为中医史上研究《伤寒论》的一本重要著作。
　　在该书中黄元御首次提出了“培植中气,扶阳抑阴”的诊病理论,对于中气他给予了形象的比喻:“精如果中之仁,气如果中之生意,仁得土气,生意为芽,芽生而仁腐,故精不能生,所以生人者,精中之气也。”正是鉴于此种原则,在行医过程中,他也始终贯彻“重视脾土、扶阳抑阴、厚培中气”的施治原则,这是他对祖国医学理论的进一步发展。

关心众乡亲,医名大盛人称“北黄”
　　功夫不负有心人。黄元御刻苦钻研,进步飞快,知名度也越来越高。
　　黄元御十分关心乡亲们的病痛,有许多人的夙疾陈病,经他精心制方调药,终于解除病痛,恢复健康。
　　昌邑城东上台村田西山是黄元御要好的学友。他在参加乡试途中,由于饮冷露卧,得了痢疾,病情严重,已经几天食水不进了。黄元御被请了去,得知田西山得新秋痢疾是因暑夏生冷所伤。他于是用燥土温中、行瘀散滞、清胆达木之方,让田西山只灌上一服汤药就痊愈了,再也没有服药。
　　黄元御凭着深厚的文化功底,苦读历代中医典籍,数年奋斗,学有所成,开始悬壶济世。
　　在行医过程中,黄元御又不断总结经验,医术精进,医名大盛,时人将之与诸城名医臧枚吉并称“南臧北黄”。

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《雪堂医语》记事二则
　　黄元御医术精湛,治病如神之轶事传说,至今在其故里流传颇多。吴去疾《雪堂医语》载昌邑刘樵山讲述的黄氏治病轶事两则如下。
　　其一:黄氏乡居,以医负盛名。其女远嫁,生一子,出痘,势甚危,抱归求治。黄氏一见,即怒詈(lì),不过日晡(bū),其速行!其女长跪乞怜,黄氏不顾,呼人急驾骡车送之返。时赤日中天,舆人故迟迟其行,中途遇大雨,周身尽湿,舆人乃驾车回黄家,盖黄氏预嘱之也。时已日暮矣,黄氏率家人正伫立门外,灯笼相候,语之曰:“汝子生矣。此证内人已极,非用此法,不能挽救。吾默察天时,知今日午后必有大雨,故弄此狡狯(kuài),不然,汝子岂能生哉!”遂处方与服,痘果透发而愈。
　　其二:黄氏尝夏月出行,有数人见其至,相与谋曰:“黄氏号为名医,吾侪(chái)盖试之。”一人故仆地,急招黄氏诊。黄氏曰:“此人仅能延数刻耳,哀哉!”群嗤之以鼻。黄氏曰:“毋!听其预言。汝等初意,乃与余为戏也,不知今当夏月,湿热交蒸,此人仆地之时,热毒之气已从口鼻吸入,内又有肠胃之病,感之而发,其来也暴,非药石所能瘳(chōu)矣。”
　　众不信,黄乃行。未几,其人果腹中绞痛,不数时即毙。人皆嗟叹,共称黄术如神。