事君几年中,黄元御并不得意,这种心情在《四圣心源·序》中说得非常明白:“顾自己巳以至壬申,历年多矣,元草未就,则天既长与以穷愁之境,而不频假以萧闲之日,帝眷之隆,何可恃也?良时非多,勖之而已。”繁庶之务使他没更多的时间完成著述,也没法给普通百姓看病。黄元御为荒废时光而深自惋惜。
“帝眷之隆,何可恃也”,黄元御离开太医院
　　黄元御身在朝廷,却心忧天下。“为名医济人”的夙愿,使他有了辞返的举动。
　　关于黄元御辞去太医院有另一个说法。皇帝有恙,太医院的御医们都没看好,却让一个乡下郎中给治好了,而且竟然还得到了皇帝钦赐的“妙悟岐黄”牌匾,这让太医院的御医们很不自在,因此对黄元御处处排挤。
　　在黄元御的《四圣心源·序》中有这样的记述:“历年多矣,元草未就,则天既长与以穷愁之境,而不频假以萧闲之日,帝眷之隆,何可恃也!良时非多,勖之而已。”由此可见,虽然有乾隆的宠爱,但黄元御其实并不得意。在皇宫任职期间,繁琐的事务确实也让他腾不出更多的时间来完成自己的著述,黄元御为荒废了这许多宝贵的时光而深自惋惜。
　　据罗大伦著文《黄元御,不该被忘却的神医》中介绍,辞职太医院职务后的黄元御离开了紫禁城,到了长江以南,却没找到和医学有关的工作,后来竟到江苏淮阴的清江河运部门任职,搞起航运工作,但在业余时间,黄元御终于有空给百姓瞧病。
　　乾隆十八年,黄元御已经48岁。那年春天,黄元御以张仲景著作中的方药加以笺解疏证,写出了《长沙药解》四卷,其中,记载了各类药物161种,药方242个。第二年,他又编纂成《伤寒说意》十卷。这本书以传经入说,辩论分析,多启迪后学门径。同年六月八日,又写成《玉楸药解》八卷,以补《长沙药解》之未备,他在该书中首创了用浮萍治疗瘟疫的疗法。至此,黄元御已完成医书八部,即后世所称《黄氏八种》。
乾隆下江南,黄元御“著方调药皆神效”
　　因常年刻苦钻研,过度劳神,虽然已经成为一代医宗,但此时的黄元御已是身疲神怠。乾隆二十年的初春,在门人毕武陵的再次推请下,黄元御着手笺释《素问》,又接连完成了《灵枢悬解》九卷、《难经悬解》二卷等著作。
　　就在黄元御过上了平淡日子的时候,一件事情的发生又打乱了他的生活。乾隆皇帝爱玩,尤其是坐船到江南玩,万一游玩途中再生病怎么办,于是乾隆又想起了黄元御。
　　让下面的人一打听,乾隆才知道黄元御竟然去了运河管理部门。在杭州,黄元御又见到了乾隆皇帝,并随船陪同皇帝游玩。不只是皇帝,就是随从病了也都需要黄元御开方子,黄元御还真是给乡村医生长脸,他辨症准确,给乾隆看病那是“著方调药皆神效”,深得乾隆皇帝及内外臣工赞誉。
　　乾隆再次让黄元御进京当御医,皇命不可违,黄元御回淮阴把写过的书整理后,再次去了紫禁城当起了御医。
◎黄元御轶事
激怒莱州知府　妙计排其脓血
　　莱州知府得了一种怪病,胸闷咳嗽,呼吸困难,四肢无力,饮食减少,请遍名医吃遍好药,就是不见好转。得知黄元御是个名医,便派人抬着自己的轿子到昌邑来接黄元御。黄元御到了莱州,立即让人领至知府床前。一看知府,面黄肌瘦,咳嗽得连呼吸都很困难,知道病情确实不轻。他诊了诊脉,故意轻松地说:“大人病在肺部,虽然不轻,但却能治。只要按我的单子把各味草药抓齐,保你十服药吃完,病就好了。”
　　知府一听,虽半信半疑,心里却很高兴。原来他自得病以来,屡治不见好转,以为自己得了不治之症,甚至连后事都安排好了。
　　吃过三服,知府就觉得病情大减；吃完十服,胸不痛了,不闷了,也不咳嗽了,只是喘气还不十分顺畅。可黄元御总是紧锁双眉,像有心事。这天,他突然提出要见见知府内眷。因为是救命恩人,知府慷慨答应了。
　　当天晚上,知府已经睡下,黄元御突然要面见知府,说看中了知府的三姨太,三姨太可是知府的最爱,知府一时气得浑身发抖,面色焦黄,一声不吭。黄元御又言语相激,知府越听越气,一头歪倚在墙上。黄元御迅速从衣兜里面掏出一根二寸长针,把知府的衣服掀开,照着他的左肋骨间一针扎进,连脓带血从针孔里面喷出来,溅了黄元御一身,知府当即昏了过去。
　　当知府醒来时,黄元御立即向知府请罪:“大人息怒!刚才说那些混话,只是为了激怒大人。因为你患的是慢性肺病,由于吃药过多,药毒散满,已经把整个肺都伤害了。我的前几服药是把漫散的毒气聚拢,使它形成一个疙瘩,经过半个月的药效,已使疙瘩化脓,可是肺离体壳有点间隙,只有设法激怒大人,让气炸开肺叶紧紧贴在肋上,一针扎去,脓血喷出体外,我苦思冥想数日,才决定冒险激怒大人,这回大人的病才真正好了!”这一解释,知府才明白先生的用意,他立即转怒为喜,更加佩服先生的医术高明。随后,黄元御又给知府吃了几服药,彻底治好了他的病。