黄元御虽医术高明,遗憾的是他的两个儿子没有一个能继承他的志向,他立遗嘱给儿子,如遇到真正热爱医术,致力于治病救人的人,就将他的著述赠送给他。黄元御去世后,恰好有一个叫张岐的年轻人,千里迢迢来拜师学艺,在葬礼上真情流露,感动了黄元御的家人,张岐得以将黄元御的11种著作各抄写了一份,后张岐将黄元御的著作刊印于世。
医宗长逝,留下遗嘱丧葬从简
　　黄元御悬壶济世日夜操劳,天长日久,再加上日夜编写医学巨著,终于积劳成疾,自己配了几服草药,吃了虽有减轻,却不能根治。渐渐茶饭日减,自知不久于人世了,因而深为自己惋惜:其一自己的两个儿子没有一个能继承父志,将自己一世积累的治病医术承接下来,感到医业后继无人,发展无望；其二自己正是老当益壮、医术精湛的时候,未免死得太早。为此常常叹息,这重心事,无疑又加重了他的病症。
　　到了乾隆二十三年(1758年)九月十七日,黄元御自觉已经力不能支,不久于人世了,就把家人和两个儿子叫到床前,嘱咐说:“我一生弃儒从医,致力于治病救人的事业,没攒下多少田产家资,现有五十亩田地,两幢宅院,你们兄弟二人一分为二。最重要的就是我的11种医学著述,是我一生心血的结晶。可惜你们兄弟二人无一个能秉承我的志向、接传行医。这些著述要好好保管,遇有真正热爱医术、致力于治病救人的人,就将这些著述赠送给他,让他想办法印刷出版,传流于世。我死之后,丧葬从简,不必再进老坟。买口薄棺,葬于黄家辛戈村南自家地里。不要惊动亲友、大操大办,给后人带个好头。”说罢,亲笔写下遗书,不久就溘然长逝了,时年53岁。
　　家人按照他家当时的家境和地位(五品御医),应该停柩七七四十九天,高搭丧棚,出个大殡。但黄元御生前留有遗嘱,两个儿子及族中长辈都要尊重他的遗愿,准备只在家停柩七天,就在黄家辛戈村南自家地里埋葬。

张岐哭师,恩师真传刊印于世
　　黄元御八世孙、昌邑都昌街道黄家辛戈居委会主任黄延华说,直到黄元御去世后,仍有不少外地的人前来拜师学艺。听老人说,就在黄元御停柩第五天上午,突然来了一个年轻后生,自称湖南益阳人张岐,来找黄元御先生拜师。
　　当张岐听说黄先生刚刚去世五天,他懊悔不已。张岐来到黄元御灵前,跪在地上嚎啕大哭,边哭边念叨:“老师啊,您怎么走得那么匆忙!徒弟我千里迢迢,慕名投师,诚心学艺,受尽千辛万苦,历时一年才赶到这里,您却让我扑了一个空啊!可惜您老将一肚子学问和经验都带走了!早知道这样,我在路上不吃不睡也要赶出这五天路程来哟!”他边哭边磕头,把天灵盖都磕出血来了。
　　整个丧葬期间,张岐完全像黄元御的儿子一样,穿大领,戴孝帽子,哭得泪干嗓哑,痛楚异常,一直把黄元御送葬到地里。丧事过后,家人细细盘问后才知道他是专门来拜师的。
　　原来黄元御的同窗表哥孙翰中去云南做官时,黄元御为其把了一脉,诊断孙翰中一年后会生一大背,并为其开了药方,叮嘱其如出现心烦口渴、背部灼热就照方抓药,将大背挪到臀上,以免有性命之忧。又交待说直到找到一个识其为大背的人才能继续治疗。
　　一年以后,果如黄元御所料,孙翰中便照方吃药,将大背转移至臀部。又四处请人看病,有说是痘诊,也有说是痈的,也有说是无名肿毒的,众说不一。此时张岐云游到云南,孙翰中请其看病,张岐看后说,这是一个大背,是高人用药力把它挪到这里来的。知道是一年以前诊脉诊出来给开的药方子,他对黄元御的医术佩服得五体投地,特意恳请孙翰中要了黄元御的住址,不远千里从云南边行医边赶路,历时一年才赶到山东昌邑黄家辛戈来。可惜他来晚了一步,没有见上先生。
　　黄元御的两个儿子黄洪漠和黄洪训,深深地被张岐感动,看他眉清目秀,气度不凡,是个济世救人的好郎中,就和母亲及族长商议,按照父亲的遗嘱,将他的11种著作,让张岐各抄写了一份,带着走了。并把黄元御的遗嘱拿给他看了,让他尽量把这些著作刊印出来。张岐临走也慷慨地答应了。
　　十几年以后,张岐终于付诸了自己的诺言,将黄元御的《伤寒悬解》、《金匮悬解》、《四圣悬枢》、《四圣心源》、《长沙药解》、《伤寒说义》、《素灵微蕴》、《玉楸药解》这八种著书刊印于世,医学界称此医著为《黄氏八种》。以后,《素问悬解》、《灵枢悬解》、《难经悬解》也在江南有所流传,但却比以上八种要晚了不少年头。

故居保存完好　村民经常祭拜
　　10月18日,记者在昌邑市采访时发现,位于昌邑城区的黄福墓、黄元御墓仍保存完好,黄元御故居经过修缮后也保存完好,并且在2000年时就已经被列为潍坊市重点文物保护单位。黄延华告诉记者,黄家辛戈社区的黄姓村民多数都是黄福和黄元御的后代,所以村里的人每年重要节日都要到黄福和黄元御的墓前拜祭。
　　民国十二年(1923年)昌邑学商各界共同捐资为其修整坟园,呈请入祀乡贤祠,并于县城西南门外及墓地立碑志念。黄元御终于像其祖先一样,名列正史,身登乡贤,垂范千秋。
　　黄元御碑文曰:“医术八种,遍于宇内,迄今近二百年,神效日彰,举民爱戴。”黄元御毕生潜心医学,不求闻达,以济世救人为乐事。他秉性清高,不堕流俗,生前曾做过《咏风筝》诗一首,诗曰:命薄如纸数里该,姻缘全凭一线来；平生不爱云和雨,惟喜春风抱满怀。
　　黄元御故居现在昌邑南隅社区利民街,故居大门朝南,自南而北依次是照壁、花园、草堂、卧室、门诊室,现存草堂五间。草堂为三明两暗式,前出廊檐,格子门窗,门前石阶二步,东西长14.6米,南北宽5.8米。大院南北长9.8米,1985年6月,昌邑县人民政府确定为重点文物保护单位。
　　1988年11月,在黄元御诞辰283周年之际,全国首届黄元御学术思想研讨会在昌邑召开。全国中医界知名人士及入会者参观了黄元御故居,并纷纷题词留念。题词有:“杏林奇葩,杝元后乐,千古流芳”、“祖国医史四千年,保赤拯危世代传。启我文明岐伯子,北海黄公光于前”等等。2000年4月,黄元御故居被潍坊市人民政府确定为“潍坊市重点文物保护单位”。