明朝从建国初期就把防卫重点定在北边。从辽东到甘肃,设置了九个边防军事重镇,从永平、密云往西两千多里,有关隘129个,都可以设防。九边以京师为中心,形成了北部疆界的屏障。
　　万历二年正月十九日,皇帝在皇极殿嘉奖二十五位廉能官员,邢玠治行第一。因政绩突出,万历三年(1579),邢玠由密云县令晋升为都察院浙江道御史,巡按甘肃。从此,在甘肃、陕西、山西等三边重镇历任近20年,逐步走上了文官治军之路。

临危受命,镇抚边关巡抚大同
　　张居正辅佐万历皇帝推行新政时,邢玠身负御史之任,巡按甘肃边防治军、检查军队粮饷,视察边塞开矿、垦荒、军垦等项事务,积极推行新政,使各等衙门、大小臣工政风日渐好转。出任河南按察使司佥事,他宽刑缓税皇恩百姓。对所管狱讼刑名进行了全面审理。首辅大臣叶向高对其评价:“戊寅出佥河南按察事,兼摄八道,宿案若洗”。
　　万历十年(1582),张居正病殁。朝廷之上政局动荡,北部边防也日趋不安。这一年,邢玠转山西太仆寺卿,治兵宁武,从此走上了文官治兵之路。
　　政局动荡,直接影响到边关防御:武备松弛,将不习武,兵不操练,屯垦收入瞒报,将官贪饷事件时有发生。而且宁武驻兵素有彪悍狂妄,难以节制之名。
　　邢玠认识到,要想戍边,必须整治军纪。正在这时,宁武守将王大纲提出要以军饷抵顶采青费。邢玠不允,王大纲便将邢玠邀至帅府,暗地里安排军士李现纠集300余人冲入大营,逼挟粮饷,鼓噪作乱。邢玠拍案而起:“你们敢以此要挟恐吓于我!谁是主谋,胆敢如此?”王大纲借机斥责部下,退出大堂。邢玠从容而归。作乱军士乘机抢劫市商。邢玠下令击贼有功,在市民协助下,缉拿了一批为首肇事者。大堂之上,邢玠责以大义,按法诛王大纲等八人,达到杀一儆百的效果。
　　第二年,邢玠晋山西粮储参政,很快又晋升为陕西按察使治兵甘州。甘州孤悬西部边远,明设左右中前后五卫,是陕西都指挥使司治所,也是九边重镇之一。地理位置险要,而面对的是蒙古游牧部落扯力克的部下,他们经常出没塞下,进犯甘州、洮河、西宁等地。
　　邢玠安排部下深入牧区了解虏骑动向,以备制敌。在甘州水塘一地,“公令多以畜饵之。虏益深入,焚燎四合,先于水口设三伏以待。虏见火惊走,炮弩齐发,击杀数百人,所遗无算。”慑于邢玠威严,不敢再窥边矣。在陕西边境有些“板升”地(蒙汉人混居的地方),汉人充当奸细,犯边案件经常发生。邢玠“夜集精兵驰围之,擒首恶冯尚文等三十人,余悉招降。
　　万历十六年(1588),邢玠加右布政使。两年后为山西布政使,随即晋升右佥都御史。
　　万历十八年(1590),邢玠受命巡抚大同。这时明朝的政治经济状况已江河日下,北部边防形势更加严峻,边防优势尽失。内蒙古火落赤等部缕次侵扰,杀死杀伤戍边将士不计其数。宣府、大同、陕西、宁夏西北诸镇官员腐败、军纪松弛,士兵闹事时有发生。面对严峻形势,邢玠认为整饬边防军务已势在必行。

临危受命,整饬大同防务
　　大同位于山西省最北部,毗邻内蒙古,山势险峻,战略位置重要,是京师的西北门户。长城以外就是蒙古游牧部落。从俺答建立的新城(现在的呼和浩特)可朝发夕至。自“土木堡之变”后,明朝历代皇帝对大同防务都特别关注,历代镇守大同的官员都如履薄冰。
　　尽管如此,但自张居正去位之后,“军令不肃,士不用命,贼虏横行,兵法荡然”已成大同的重症所在。一是边将占用军士。各边镇中,总兵及各级军官占用大批军士做役工习以为常。“取其大概,总兵占数百人,副将、参游以下各占数十人。一镇之卒近半数为私门之役。”大同八万将士能征善战者不足两万。二是扣减军饷。据记载,边军每人每月粮饷不过七钱,各种礼仪扣去“一卒之饷,岁入几何,半为私门费矣。”三是轻蔑将权。平日文官对武官将士轻贱凌虐,有功据己,每遇失事便推于将官,致使将官益卑,将权益削。四是馈遗成风。总兵以下走牍而议吏事者,无不馈礼遗金,扶货行贿,趋炎附势。另外,还有一要害问题是总兵麻贵骁勇善战,但刚愎自用,官兵上下矛盾重重,受到御史弹劾。
　　邢玠身为大同巡抚,身兼都察院佥都御使,行事果断,在光禄寺少卿鲁乾亨协助下,从严进行整治。首先是调整将帅。以李东阳代麻贵为大同总兵官,同时对各路守将进行了调整。对军中役工进行了全面清理,按照朝廷定制进行分派。对士兵粮饷如数发放,如有剋扣从严惩处。在此基础上,选拔将校,操练军伍,按功行赏,士气大振。其次整顿武备。更换了大炮等武器。对城墙、敌楼、烽火台以及要冲镇堡进行加固整修,使其真正起到屏障作用。军队屯垦经过整顿之后,情况有了很大变化。又遇风调雨顺,粮草大获丰收。皇上批准,拨款增购粮草,储备日丰。
　　此时,大同镇对面的蒙古已分化成47个部落,权力分散,势力减弱。扯力克与三娘子擒获叛逆部落首领,送交朝廷处理,大同边塞又恢复了往日的安定。

兵不血刃,恩威兼施平叛播州
　　邢玠从初仕密云,到巡抚大同,在边20余年。既无党阀之争,又无门户之见,以耿直稳健而备受称赞。万历二十一年(1593)八月,邢玠晋升为南京兵部右侍郎,从此,他的注意力逐渐转向全国防务。
　　这年秋天,地处四川的播州土司杨应龙叛乱,史称“土司之乱”。播州地处四川南端,与贵州相邻。播州宣慰使司是由杨氏世袭。隆庆五年(1571),播州宣慰使杨烈去世,其子杨应龙世袭。杨应龙骄横跋扈,藐视朝廷法纪,居饰龙凤,擅用阉臣,俨然一方土皇帝。万历二十一年(1593),新任四川巡抚王继光下令严提杨应龙勘结。杨应龙盘踞播州,拒不服从。王继光与总兵刘承嗣兵分三路进剿,被杨应龙设伏兵打败,官军几乎全军覆没。此后,杨应龙“召集恶苗,杀虏人畜。前恶既盈,后恶愈炽”。万历皇帝着令“川贵抚臣,整兵备饷,协心剿除,以安地方。”刘铤、李如松星夜前去落实备战。同时,皇帝命朝臣推荐才望大臣任川贵总督。九卿科道奉旨廷推,力荐邢玠。万历皇帝下旨:“邢玠以兵部左侍郎兼右副都御使总督川贵军务,着依限前去,事完回京。”
　　邢玠身处兵部,对国情有了更深的了解。这几年,朝廷用于宁夏平叛、援朝抗倭、赈济救灾库银超支颇大。入蜀平叛,尽管可以调用云贵川三省兵马、钱粮,但开支巨大,势必扰民太甚,增加朝廷负担。在这样的形势下不宜大动兵马,耗资费时。　
　　邢玠到达四川后,首先陈重兵于阵前,造成大兵压境的局面,使四川播州土司杨应龙意识到“待剿即祸重”。随后在翦除其党羽的同时,对杨应龙晓以大义,援引宁夏哱拜叛乱的前车之鉴,说服他只有伏罪听勘才是唯一出路,否则,朝廷将悬万金“购尔头尔。”
　　杨应龙自知罪孽深重,果然身穿囚服自缚跪于道旁,泣请死罪,把黄元、阿羔、阿苗等12名犯人及罚金献于朝廷,并上缴赎金四万两。邢玠将勘抚情况上报朝廷,并按兵部批复处理此案。将杨应龙革职,其长子杨朝栋代职,次子杨可栋为人质押往重庆。在松坎设立了同知治理,并以重庆知州王士奇为川东兵备使弹压之。
　　这样,邢玠恩威并举、兵不血刃地平定了这场长达三年的叛乱,使朝野上下刮目相看。皇帝认为邢玠平叛处理得当,又值满考及大同功,于万历二十三年(1593)十二月三十日升他为都察院右都御使兼兵部左侍郎、荫一子,母封太淑人,后晋二品、封太夫人。