大吕事件后,德军在高密展开了报复,袭击了多个村庄,当地村民极力反抗,惨遭屠杀。德军进驻高密县城,收缴民间枪械,继续滋扰村民。在其后签订的《莱州府属路工办法》及续订《筑路购地善后章程》中,德国人作出了部分让步,以便筑路工程顺利进行。

德军报复多个村庄　堤东村民土枪抵抗
　　德国山东铁路公司总办锡乐巴获悉大吕事件后,立即从青岛赶赴高密,一面假惺惺地承诺“高密不动,德兵绝不先动”,一面折回青岛,要求德国胶澳总督叶世克对高密进行军事干预。
　　叶世克私自下达了派兵命令。1900年6月21日,德军上尉毛威率80名海军士兵和15名骑兵组成的远征军,荷枪实弹,杀向高密。
　　6月24日,德军进入高密境内,首先进攻芝兰庄。芝兰庄人民奋起反抗,但由于准备不充分、武器低劣,德军很快攻入村里,先后杀伤村民100多人。
　　德军接着直扑大吕村,见大吕村没有动静,又到堤东村(现高密市柏城镇堤东村)。堤东有一圈土围墙,村民在上面架着土枪,挂着一面红旗。德军知道该村已有防御,毛威要求村民首领出来谈判,并要求村民放下武器,打开大门。尽管知道大难临头,首领仍然轻蔑地展示了武器,并把防卫森严的村庄指给毛威看,坚决表示,如果想到高密县城去,应当走别的路,他们是不会给开门的。
　　毛威立即下令向堤东发起进攻,村民用土枪土炮还击,奋起抵抗。但村民缺乏军事训练,且武器低劣,只抵挡了1个小时,德军攻进村内,击毙村民15人,伤三四十人,其余村民逃散。随后出现在毛威身边的高密知县葛之覃,说自己曾试图劝说村民放弃抵抗,但没有成功。当日,德寇住在了堤东。
　　由于德帝国主义的血腥镇压,抗德群众先后被打死20余人,伤者不计其数。遇难者绝大部分是“老弱佣工之人,并非能持军械打仗者”,“猝遇轰毙”,“妇稚无依”,“情形极为惨酷”。

德军进驻高密县城,收缴枪械滋扰各村
　　高密城内商绅获悉德军将至,跪求知县葛之覃阻止德兵。数千民众组织起来,持土枪土炮、大刀长矛,“欲与德兵对敌”。因山东巡抚毓贤正与胶澳总督交涉,加上锡乐巴承诺在先,葛之覃答复:“本县业已允许,不能阻止,况德兵并不伤人。若有伤动一草一木者,唯本县是问。”大家无奈,号哭而散。
　　6月25日,德军入城如入无人之境,“城乡各项军器,限三日内缴齐销毁。如有隐匿者,查出予以重办”。“城内团局以及守城枪炮,尽皆搜走。”“并将四城钥锁索去,听其启闭”。德军驻扎于高密县衙东邻的通德书院,将书院设施破坏殆尽,所藏图书全部焚毁。有首民谣说:“可恨官员尽保洋,引来鬼子甚猖狂,于今书院成兵院,昔日文场作战场,号桌歪斜拴骡马,讲堂污秽宰牛羊,门名通德真通德(高密城西门名通德门),始悔当年兆不祥。”
　　第二天,德军在东城门炸毁守城铁炮2尊,轰伤百姓2名。接着又到城西的刘戈庄巡查。因村民不许德军进入,德军即用洋炮轰开围墙,入村见人即杀。村民首领“田耳帽子”率众以铁锨、大镢对抗,掩护村民突围。德寇打死“田耳帽子”等5名村民,打伤数人。死者中包括2名从西乡来此卖水果的农民,引起了西乡百姓的极大愤慨。
　　随后,德寇继续以收缴枪械为名,窜扰城乡各村,四处捕杀抗德者,以致高密“城关景象萧条,十室九空”。
德国讨要巨额赔偿,高密绅士独自承担
　　毓贤接到葛之覃的电报后,派彭金山率驻潍防营200名士兵进驻“百里环界”外的丈岭,另派候补知州石祖芬前往高密,同时令莱州知府曹榕星夜驰往高密,会同胶州知州张承燮,帮助葛之覃与德国人交涉；同时向德国外交部提出抗议,要求抚恤被屠杀的农民。
　　德国人不但拒绝赔偿,反而于6月28日要挟清政府赔偿“损失”白银3495两:“大吕庄案(即群众拔标案件)赔偿2245两,伤小工4名400两,营兵赏与400两”；此外尚须付给德人每日120两的驻扎军费。德寇还严斥葛之覃,“并令保固全县铁路”,否则就将高密全县焚毁。
　　毛威要求清政府7月1日付清赔款；同时还将其所拟莱州府境内路务《权宜办法之合同章程》十一条送来,说“照此订议,兵即撤退”。
　　7月1日,德寇勒索赔款的限期已到,当时毓贤所派的石祖芬因“连日大雨”而未能如期到达,电讯联系也因雨中断。于是,曹榕、张承燮、葛之覃与德寇签订了《莱州府属路工办法》十一条,其中也有一部分对农民有利的方面:买地须照原价,不准强行勒抑,所收款项均交业主本人,不经过通事；租购房屋等具体事宜,要协商办理等。德国除“留数人在(高)密守护”外,其余驻兵则“分两期退回青岛”。
　　这笔巨款无从筹集,葛之覃召集商绅开会摊派,商绅愤恨葛之覃不听劝阻,无一人入会。绅士单雨田不忍看到德寇继续蹂躏高密百姓,独自承担了全部赔款。此举不仅让葛之覃异常感动,就连毛威也向单雨田敬以军礼。德军自7月1日开始撤兵,至8日“全回青岛”,铁路重又开工。
鲜血换来德方让步　东乡农民抗争暂歇
　　接着,石祖芬到达高密查处此事,认为葛之覃“既不能调和于事先,又不能补救于事后,徘徊观望”,致“一误再误”,禀请毓贤将葛之覃撤省核办,后由毓贤于7月20日奏请朝廷将其革职,改派季桂芬署理高密知县。石祖芬又与德国山东铁路公司总办锡乐巴订立了《筑路购地善后章程》,规定凡与铁路公司有关的事,都委托地方官办理。这样,德国山东铁路公司不费分文,就得到了高密地方官这一有力的义务办事员。
　　德帝国主义在高密人民的连续打击下,感到如果不妥善处理,“以示好于地方”,加以收买人心的话,以后自己的日子会更不好过,因此,在其与清政府所订的《莱州府属路工办法》十一条及续订《筑路购地善后章程》中,也不得不向群众做了一些让步。如:“在购地时,如地内所种粮物不久成熟,或尚未成熟,公司亟须交地,不及收割者,应于地价外酌估粮物所值之价,一并核发,以示体恤。”“勘路插标,如有踏损民地所种粮物,公司酌量赔偿。”再如:“填筑地基所需泥土,须由工程师责成工头,饬令小工向远处购取,不得在附近田地内任意掘用,致启争端。”还规定:“公司雇用华人,如有调戏妇女,应送地方官惩治。”所有这些成果,并不是“德人的恩赐”,而是高密人民用斗争的鲜血换来的。
　　至此,以大吕和芝兰庄为中心、历时20多天的高密东乡人民抗德斗争暂告一段落。正如德国学者余凯思所说:“1899年夏天德国军队在高密制造的血案并没有马上消除抵抗,相反,它导致了中国农村居民的大动员。”