潍县战役爆发,昌乐中学因此停办,正准备筹办大学的霍树楠,不得不放弃心血。他作了假标记,使得新进实验设备逃过国民党军机的投弹轰炸。流亡途中,霍树楠协办青岛临时中学,为安置流亡学生而奔忙。国民党大势已去,霍树楠携家逃离至上海,做最后的观望。
潍县战役爆发　昌乐中学停办
　　1948年春,解放战争进入大反攻阶段。为解放城市攻坚战积累经验,解放军开进昌潍,包围潍县,潍县战役爆发。战事紧张,昌乐中学停办。
　　1948年开学不久,4月2日上午9点多,霍校长突然紧急集合全校师生,原来是张天佐(昌潍区专员兼山东省保安第一师师长)亲自来校讲话。大意为“情况紧急,立即回家,何时开学?另候通知!”
　　面对突如其来的变故,霍树楠主要办理了两件事:一是组织人护卫学校,保护未能及时离校的师生,免受来自社会的冲击和破坏；二是安排专人封存学校的图书和教学仪器,作好撤离准备。
筹建大学未成　设法保护设备
　　此时,雄心勃勃的霍树楠正在准备筹建大学。
　　据曾任昌潍专员公署第二科科长的赵显庭回忆:1947年,在时任昌潍专员张天佐支持下,昌乐中学附设大学预科班,由刘书琴协助霍树楠办理。当时,昌乐中学已发展到相当高的程度,教师阵营已极强大,且已达高水平。霍树楠不满足于昌中现状,又想把昌中升格办为大学。他积极联系,经省教育厅厅长李泰华、农林厅厅长阎若珉应允,由教育厅负责报部立案,编列预算,逐年扩充；农林厅供给资料及增补专材,成立昌乐农业专科学校。霍校长诚聘时任西北联大教授刘书琴到昌中任教并协助办理大学先修班,就是为此作准备的。无奈1948年春,潍县战役爆发,昌乐中学停办,计划未获实施。
　　据当时的师生讲,昌乐中学停办后,实验室内,有许多准备建大学新进的先进实验设备,不少是海外进口的,箱子上全是英文,未开封,非常昂贵。潍县战役进入收尾阶段,张天佐眼见大势已去,还念念不忘这些设备,曾安排专人通知学校,在实验室边用白灰画圆圈作标记,派飞机轰炸。霍树楠不忍心如此销毁,安排人在学校操场北侧无人居住平房区域设下标记,国民党军机两次投弹轰炸,此实验设备得以保存。解放后,设备被转运走,另作他用。
组织撤离一事最终流产,与师生汇聚青岛
　　昌乐中学停办后,由于时局的原因,不少师生向霍树楠提出要求,希望学校能统一组织撤离。
　　当时的昌乐中学师生中,校长霍树楠和一部分教师是国民党党员,几乎大部分的高中、师范和大学预科学生及一小部分年龄符合条件的初中生都是三青团员,接受的是三民主义思想教育,平时对共产主义思想没有了解,亲蒋反共色彩非常浓厚。学校停办后,除少数农村学生回家后被家长阻挡不能远行外,相当一部分学生都游荡在县城周边和学校附近,做好了随国民党军队撤离的准备。
　　据霍树楠的子女回忆,当时,由于对共产党和解放军的政策不了解,霍树楠内心十分惊恐,其时,父母年长,小儿不满周岁。霍树楠一方面希望昌乐中学顺利复校；一方面又召集家人,抓紧准备,以便随时撤离。
　　眼见局势无可挽回,为更好地帮助学生撤离,霍树楠安排三青团昌中分团负责人高鲁生联系组织撤离事宜。当时,因昌乐中学团务工作成绩优异,三青团山东支团部将昌中分团升格为省属,管辖范围不限于昌乐中学及省立益都师范学校,尚包括省立益都中学及临朐县立简易师范学校等周边县区学校。高鲁生积极组织动员学生出逃。未久,昌乐县城解放,高鲁生逃跑不及被俘,组织撤离一事最终流产。
　　4月28日,解放军攻克潍县,张天佐被击毙。霍树楠携妻将雏,秘密东逃。路上,逐渐与趁乱出逃的昌乐中学部分师生汇聚,于5月份到达青岛。
求助名儒安置流亡学生,助临时学校办成
　　潍县解放后,胶济铁路中断,胶东大部分地区获得解放,青岛已成为国民党占领的一座孤岛,原国统区的学生、官员、商贾及其家属纷纷汇聚而来。到1948年的七八月间,到达青岛的昌潍学生已达三千多人,其中省立昌乐中学学生过千人。他们胸前戴了一枚徽章,上刻“昌潍”两字,表示不忘故土。流亡学生的生活,主要靠救济来维持,朝不保夕。为摆脱绝境,他们要求政府予以安置。
　　学生的状况,霍树楠看在眼里,急在心中,却无力可使,期间多次向寓居青岛的安邱籍名儒张公制先生求助。
　　当时,适时任教育部长的朱家骅途经青岛,经张公制出面斡旋和协助,朱家骅批准在青岛成立临时中学收容流亡学生,并电示山东省教育厅厅长李泰华迅速办理设校事宜。青岛市政府遂在教育部门的支持下,设立青岛临时中学,校址就是登州路海军军官学校的原址。张公制推荐霍树楠担任校长,负责成立学校。霍树楠以战争形势复杂、能力有限而婉拒校长之职,仅允诺暂任教务主任。为使学校顺利开学,霍树楠全力以赴,夜以继日,协助代校长、省教育厅科长王景韩完成创校、编班、排课等事宜。在学生开学安定后不久,即行辞职。
兼课扶轮中学　携全家赴上海
　　霍树楠流亡青岛暂住后,父母、妻子、三弟、六弟及六个子女都先后来到青岛。
　　霍树楠之所以辞任临时中学校长一职,主要因战事频仍,不想为校务所羁绊,以便随时带领全家撤离。期间,因生计所迫,霍树楠应青岛扶轮中学校长王怀中之邀,到此校兼任数学课老师。据当时的学生丁树远回忆:抗日战争结束,青岛铁路中学复校,改名为交通部部立青岛扶轮中学,聘请王怀中为校长,李锦荣为教务主任,滕振铎为训育主任。三人都是霍树楠在昌乐中学时的同事好友。
　　青岛临时中学成立后,学生数量迅速增加,办学经费困难,师资不稳定,学生也经常闹事。有一批昌乐中学的同学眼见霍树楠辞职,也没有留下来继续学习,而是在赵立文等几位老师的领导下,仓皇南下,到达南京后在教育部协调下成立昌潍临时中学。然后在校长刘书芬的带领下,加入江南流亡学校的行列,由江苏、浙江、江西、湖南而至广东,与山东其他七个流亡学校——第一至五联中,海岱中学及烟台中学合流,形成了一股壮大的学生流亡潮,最后到达了台湾澎湖,成立台湾省立员林实验中学。1949年三四月间,青岛的局势日趋紧张。青岛临时中学的同学再也无法安心读书,只好追随国民党政府和军队撤离青岛。其中一部分昌乐中学的同学如王振奎等加入了青年军的行列,另一部分则走进第十一绥靖区青年教导总队的大门,在总队长陈孝祖的带领下,跟随驻青岛海军司令官刘寿如去了海南岛,还有一些同学单独行动,也都先后离开了青岛。不管是到广州的,还是到海南的,最后大家都集中到了台湾。
　　眼见国民党大势已去,学生纷纷南逃。霍树楠不得已于仓皇中携全家老幼十余口搭乘国民党撤离青岛的最后一班航船逃难抵达上海,在上海稍事停留,做最后的观望。