王曾39岁时,由于政绩突出,以左谏议大夫参知政事,当上了副相。当时,真宗皇帝大搞“天书封禅”迷信活动,大兴土木,修建玉清昭应宫供奉所谓的“天书”,群臣无敢言者,唯独王曾上疏力劝真宗爱惜民力,以邦国大计为重。再加上他支持众大臣不再修葺玉清昭应宫之议大忤太后之意,为政期间屡遭罢相。

拒绝担任观使惹得真宗不悦,首次被罢相
　　宋真宗大中祥符九年(1016年)九月,39岁的王曾由于政绩突出,便以左谏议大夫参知政事,当上了副相。
　　宋真宗天禧元年(1017年),40岁时,他又拜给事中、参知政事(职级、待遇上有提高),但当年他因两件事被罢了副相。
　　那几年,真宗皇帝大搞“天书封禅”迷信活动,大兴土木,修建玉清昭应宫供奉所谓的“天书”,群臣无敢言者,唯独王曾上《乞罢营玉清昭应宫疏》,历陈五害,极力劝说真宗爱惜民力,以邦国大计为重。他在陪同真宗皇帝登泰山祭天时言:“这虽是国家承平安定带来的,但希望陛下能够推辞而不自居,他日若有灾难变异,也可免遭物议。”　　　王曾的奏疏和上言虽然没有能够阻止宋真宗建造玉清昭应宫,但真宗皇帝还是非常欣赏他的忠诚之心,不久就晋升他为翰林学士。真宗皇帝建造了玉清、景灵、会灵三座宫观以后,诏令朝廷宰辅、重臣兼任“观使”,时被任命“观使”者皆以此为荣。
　　依照惯例,真宗皇帝授命王曾为“会灵”观使,但王曾不愿接受,转推时任宰相王钦若。真宗怀疑王曾示异,当面诘问,王曾从容答道:“君从谏为明,臣尽忠为义。陛下不以臣无能,委以重任,从而得罪与您,臣知义而不知异也。”王曾虽然把话说得天衣无缝,为此却惹得真宗皇帝极不高兴。
　　第二件事是王曾买了贺皇后家的旧宅地,未等贺皇后搬家,就令人抬土堆于门外,以备修葺房屋,贺皇后为此恼怒,到皇帝那里告了王曾的状,真宗皇帝一怒,借此事免去了王曾参知政事(副相)一职。
支持众臣不重修玉清昭应宫,再次被罢相
　　自从打倒了丁谓,王曾被擢升为中书侍郎、同中书门下平章事、集贤殿大学士、充会灵观使；宋仁宗天圣三年(1025年),仁宗皇帝再下诏,进王曾为昭文馆大学士,始为首相。
　　王曾进为首相后,主持正义,坚持原则,为政勤勉,办事果敢。欧阳修称他:“为人方正持重,在中书最为贤相。”
　　宋仁宗天圣七年(1029年),六月的一天,京城开封骤降大雨,雷电交加,在宋真宗所建供奉天书的玉清昭应宫,忽有一团火焰飞入殿内,霎时之间,火星暴烈,烈焰飞腾,直穿屋顶,卫士兵丁慌忙赴救,哪里救得过来。大火延烧了一天一夜,把这座玉清昭应宫烧成一片赤地,只剩长生、崇寿两座小殿。
　　刘太后闻报后,大为震惊,立即降下懿旨,将守宫官吏,系狱问罪；并召集廷臣,会议金殿,流泪说道:“先帝造此宫时,费尽心力,一旦延烧俱尽,如何对得住先帝呢?”
　　这时,有枢密使范雍奏道:“如此大宫,忽成灰烬,乃是天意,非由人事。不如将长生、崇寿二殿一并毁去,免得日后再议修葺,致劳民力。”中丞王曙也道:“天意示戒,应除地罢祠,挽回天变。”司谏范讽又奏天灾与人治无关,不应置狱穷治。宰相王曾以为三人所言极是,表示支持范雍等所奏,坚持不再重新修葺玉清昭应宫,认为现有宫殿不少,不必再劳民伤财。太后拗不过大家,只得下懿旨,不再修葺,改长生、崇寿二殿为万寿观,减轻守宫官吏之罪,并废诸宫观使。惟首相王曾,以不能变理阴阳、致遭灾异之过,罢相,出知青州。
　　宋代在仁宗朝以前,宰相有小过罢免,多出为节度使,王曾却以首相罢知州事,可见刘太后对于王曾在执政期间,多方裁抑其擅政之举耿耿于怀,衔恨甚深；再加上王曾支持众大臣不再修葺玉清昭应宫之议大忤太后之意,遂遭罢相。
与吕夷简意见不合　主动上疏请求外任
　　宋仁宗景祐元年(1034年)八月,王曾以吏部尚书、同平章事、枢密使(最高军事长官)由河南府(今洛阳)通判调回京城,再任副相。越年,拜右仆射兼门下侍郎、平章事,集贤殿大学士,封沂国公。至景祐四年(1037年)四月,王曾因与时为首相的吕夷简两人意见不合,遇有问题,时有争论,主动上疏要求外任。
　　当时仁宗皇帝对于王曾突然要求外任的奏疏很不理解,王曾据实告之,仁宗得知内情后,遂下诏两罢政柄:王曾知郓州,吕夷简知许州。
　　《儒林公议》(卷上)载:吕夷简、王曾同在相府。曾公忠守道,夷简专用小,数宠引党类,复纵其子公绰交接人士,盛纳货赂,其门如市。曾知而恶之。夷简权宠日盛,范仲淹辈数于上前攻其短,既而言者相继斥逐。曾寖不乐,然曾性醇厚,又不欲有欺于同列。一日,先白夷简欲面启求退,夷简答而曰便。俟旬时,作表章当与公同避贤路耳,既而夷简急拜章求罢,不复,白曾颇后。时上方疑曾不能容夷简。曾怒为所卖,乃密奏夷简脏私,坏公朝纪纲。上乃诘曾实状,曾素不知主名,不能对,遂两罢政柄。也许王曾太过刚直,或许吕夷简处事难容反对意见,终致两败俱伤。
　　吕夷简(978年-1044年),出身名门,乃北宋名臣吕蒙正之侄,北宋历史上的名相之一。但他在用人上对反对过他的人不够宽容。这些人常常被贬往远方任职,如孔道辅、范仲淹等,其在位之日专夺国权,胁制中外、人皆畏之。《宋史》称他“于天下事屈伸舒卷、动有操术”。