1906年,刘冠三秘密加入同盟会,他创办的山左公学因此成为革命的摇篮。学校被查封后,刘冠三等人来到青岛,筹办起震旦公学,这所新型革命学校成为山东同盟会的革命机关,经常组织示威游行,到工厂进行爱国主义教育。因为触犯了清廷和德国侵略者的利益,学校后来被查封,但革命的火种已经播撒开来。
办学办报开风气之先,刘冠三秘密加入同盟会
　　1905年,刘冠三利用清政府提倡私人办学的机会,在济南创办了一所盲哑学堂,这是山东进行盲哑教育的开端。
　　当年冬天,刘冠三在济南趵突泉创办了“山东公立中学堂”。为了避免当局因学潮事件刁难阻挠,他以革命党人刘东侯、丁鸿芹的名义到山东提学司申报立案,果然获得批准。刚开始时,学校设中学班3个,招生80人；师范班3个,招生150人。学堂由刘冠三任总督(校长),刘东侯任监督,丁鸿芹、酆文翰及后来从日本回国的留学生徐镜心、齐芾南、左雨霖、周树标等都先后到校任教。1906年春,刘冠三将校址迁至北园大杨庄张家花园,更名为山左公学,兼任公学监督。此时学生多达四五百人。
1906年2月23日,在《同盟会宣言》与孙中山《民报》发刊词的影响下,刘冠三联合泰安籍的同学丁耕农集资,在济南趵突泉东边的白雪楼创办了山东第一家通俗文体的《山东白话报》馆,由泰安的李子元和临清的张彝白任主笔,旨在使“妇孺易知”,“培养民气,国魂来归”。该报每日出8开1张,言论激烈,宣传新文化,抨击清政府对内愚弄欺压人民、对外丧权辱国的腐败政治,开山东宣传革命之先河。
《山东白话报》多遭破坏,最终在1906年冬被查禁。山东大学堂师范馆监督方燕年非常痛恨刘冠三的革命言行,又惮于其在学生中的巨大影响,利用年底放假、学生还乡之时张贴布告,以“鼓吹邪说、图谋不轨”的罪名开除刘冠三的学籍。此事引发学潮,学生们罢课向政府请愿,在街头演讲,迫使当局把方燕年调走,恢复了刘冠三的学籍。
　　刘冠三的事迹引起了中国同盟会总部的重视,同年6月,同盟会会员谢鸿焘专程来到济南,介绍刘冠三秘密加入了同盟会。此后,革命家刘冠三在公学及家乡高密积极宣传革命主张,发展同盟会员,鼓励引导会员建立学校,并将“驱除鞑虏,恢复中华,建立民国,平均地权”这一同盟会的纲领,定为以后所办各类学校的办学宗旨。
山左公学成革命摇篮,刘冠三主持山东同盟会
　　山左公学各科都按照清政府学部规定的课程开课。但学校寓革命宣传于各科教育之中,寓军事训练于体育活动之中。刘冠三无论阴晴雨雪,坚持每天往返六七里,巡视学生食宿情况。他经常将同盟会办的《民报》《晨钟》等进步刊物亲自送到学生宿舍传阅。他倡导设立了山左公学同学会,实行学生自治,亲自担任会长,下设评议、执行、判理三个部,各部理事都由学生“以票选之”。学校的大事都由学生公议。
　　山左公学等公学并非公费开办,教师无工资,主要靠刘冠三等人向社会和家庭富裕的师生筹集资金维持。刘冠三自己分文不取还往里贴钱,如此义举使得各地开明人士纷纷捐款资助,如安丘学生张世荣劝父捐银千两。
　　公学半数以上师生加入了同盟会,同时,前来求学的人不断增多,学校的影响日益扩大。从1906年秋天起,山东同盟会主盟人徐镜心前往东北开展活动,将省内工作交给刘冠三主持,山左公学已经成为全省同盟会的领导机关所在地。
　　1907年秋,当刘冠三筹建政法学堂、申请山东提学司立案时,正苦于找不到惩治山左公学借口的提学使方燕年说山左公学内有革命党潜伏,企图谋反,应予查办。为了保全山左公学,刘冠三决定辞去公学监督职务,悄悄离开了学校,30多名师生自愿跟随。1907年12月,支持刘冠三办学的山东巡抚杨士骧一调走,山左公学就被方燕年查禁,刘冠三被下令通缉。
震旦公学再播火种　游行示威震撼当局
　　刘冠三带领同盟会员蔡自声、王林肯和山左公学的30多名师生离开高密,前往青岛,同陈干携手为创办震旦公学共同努力。刘冠三主动承担了筹金建校的重任,他一方面组织邵麟勋等革命青年依靠盐民,武力夺取沿海税局的公款,打劫贪婪盐商、烟贩等豪富之家,取得“夺之不伤廉洁,用之不悖情理”的钱财,另一方面向同情革命的各界人士募捐。刘冠三还曾到直隶,找到已由山东巡抚调任直隶总督的杨士骧,要求他捐助办学经费。刘冠三也以全部家产作抵押,借款150两银子用作办学经费；助手吕子人捐献了个人全部财产,带动了一大批人慷慨捐资。
　　1908年1月,震旦公学在青岛胶州路上一处租赁房中成立开学,成为山东同盟会的革命机关。“震旦”是古代印度人对中国的称呼,佛教经籍中也这样称呼中国,革命党人取之为校名,其“振兴中华”的寓意是显而易见的。留日学生、同盟会员商震、陶成章等欣然应邀赴青岛参与办校。章太炎在日本闻讯后,高兴地认为“青岛大有可为”。
　　刘冠三与陈干担任总教习,率先垂范,教职员工一律没有工资。资金都用于购买军械炸药,暗藏于学校及校外一些可靠的地方,以备将来用武装斗争推翻清政府。师生同吃、同住、同操练,大家都以能力高者为师,团结和睦,严守纪律,忠于职守。
　　震旦公学是一所新型的革命学校,注重国民真正之精神教育,开拓学生的思想视野,甚至使有的学生对社会主义的理论也“颇能领略”。学校除设文化课外,还开设了军事学和军事技术训练。师生一律留短发、穿军装。不少学生参加了同盟会,并成为山东革命党的骨干分子。清廷闻讯极为惊恐,与德国驻青岛总督交涉,要求取缔震旦公学,并引渡刘冠三。起初,德国胶澳当局未予办理。
　　震旦公学师生还经常组织游行示威,抗议清廷割地赔款,屈膝媚敌,号召推翻帝制,建立中华。他们到工厂、群众中去进行爱国主义教育,与各界群众串联集会,为“北方社会运动之开端兼寓反对不平等条约的奋斗”。师生还在德国人办的船坞组织工人罢工；1908年秋,刘冠三联络山东学界发起成立山东保矿会,反对德国人侵吞山东铁路和矿产权益。以上活动严重触犯了殖民者的不法利益,成为德国侵略者和清政府勾结迫害震旦公学的借口。因震旦师生提前将枪械秘密转移,德国侵略者监视一番却得不到“罪证”,就于1908年12月4日蛮横地将陈干驱逐出青岛,查封学校,并按清廷的要求积极抓捕刘冠三。
　　此后,革命党人有的到青岛的工厂暂时隐蔽,有的分赴各地继续宣传革命。此时革命思想已经广泛传播,师生星散各地,为革命播下了火种。后来,辛亥革命爆发,在山东乃至全国的革命工作中,原震旦公学的师生成为斗争的骨干力量。