雍正元年,董思恭发现山东的邪教问题,上书雍正帝要求取缔邪教。在翰林院任职三年后,任四川忠州知州,跋山涉水勘丈苗界,在省内率先完成勘丈,并得“卓异”等级。因其勤政能干,清正廉明,经四川巡抚宪德推荐,调任河南许州知州。到许州后,董思恭带头赈灾,轻徭薄赋,使百姓安居乐业,在政绩考核中再得卓异,因此得到升迁,补授河南新设许州府知府。

教门敛财害百姓,上表启奏禁邪教
　　有山东官员来京,称教门敛钱惑众、煽诱人心,使百姓深受其害。董思恭对山东地区的宗教活动颇为留意。为掌握第一手资料,他走访城郊民间,咨询青州府、济宁直隶州进京官员,结合文档资料,对教门问题进行了深入研究,他发现康熙末年吏治松驰,许多地方视禁令为具文,敷衍了事。雍正元年四月,董思恭写奏折上报雍正皇帝,祈求禁止山东等处一炷香、空字教等。据史料来看,雍正朝第一个提出教门问题的是董思恭。这一发现,也得到众多专家学者的肯定。奏折主要内容如下:
　　从来治天下莫先于正人心,正人心莫先于息邪说。臣籍山东,试即以山东之事言之。窃闻山东之内邪教有二,一曰一炷香,一曰空字教。名虽不同,而其所以为人心之害则一。伏祈皇上严行禁止,庶人心不为所惑,咸有以安居而乐业也。一炷香之教云何?其人专以烧香惑众,谓领香一炷,诸福立至,百病皆除。无知愚民因相崇奉为师,或五日或十日,轮流作会,效尤成风,以至荒弃农业,不事生理,此邪教之惑人者一也。至所谓空字教者,则较此更为甚矣。其人惟以邪术哄诱人心,一家之内有一人入其教者,势必举家从之。从之之后,遂乃如痴如迷,卖田宅,弃物利,以恣其掌教者之欲；甚至妇女杂处,恬不知耻,昼则散居各村,夜则相聚一室,此邪教之惑人者又其一也。五十九年盐徙之事,其内此类居多,近虽稍知自戢,然恐习未尽除,渐复滋蔓。仰惟谕山东巡抚,令其申饬地方官员,每村之中牌甲相为互结,里长时加稽察。倘有其人,许即告首。如或隐匿不报,事觉之日,一并重究。至于挟嫌妄控者,亦勿许滥入无辜。如此则宽而有制,奉行必恪,而邪说以息,人心以正矣,臣谨奏。
　　董思恭在雍正元年就对邪教这一社会问题见微知著,认真洞察,实为当政者的戒鉴。他任职翰林院,身在朝廷,心计天下。
担任忠州知州,勘丈考核被评卓异
　　董思恭在翰林院任职三年后,雍正二年(1724),经朝廷选拔,被外派到四川忠州(今重庆忠县)任知州。
　　《忠州直隶州志》记载:董思恭……创修学宫,宏奖士类。雍正三年,奉皇帝诏书,在东门外白水溪建筑“先农坛”和神祠,于每年开春祭祀先农,亲领官员行藉田礼。
　　董思恭年轻有为,满怀建功立业的雄心,志在报效朝庭,便担当起了勘丈的重任。他按宪德巡抚的要求,亲自挑选精干人马,筹集经费,谋划勘丈方案,认真组织实施。虽历经磨难艰险,但在全省完成得最好。《述怀十六韵》中写道:酉溪驰勘有苗界,山魅林狈惊百怪。深箐蔽日岭头黑,鹿铤走险筋力惫。
　　这首诗是描写他到酉溪河流域驰勘时的情景,他与勘丈人员深入崇山峻岭,河谷深沟,见到的是松倚绝壁和遮天蔽日、昏天黑地的密林竹海,听到的是飞湍瀑急、鬼叫狼豪和风嗥雨啸的惨声怪音。为勘探苗界,须铤而走险,筋惫力乏。
　　董思恭在进山勘丈时,认识了年轻的采药郎中云昭。董思恭诗中曾注:“友人云昭精于岐黄之术”。两人年龄相仿,脾性相投,成为知己,无话不谈。一天云昭与董思恭说道:“昨晚读医书,得到几句惊世言语,心想对您有用,故抄录赠您。”董思恭看这抄录文稿,其中有几句确实引人注意:《郁离子》曰:“治天下者其犹医乎?医切脉以知证,审证以为方故治乱,证也；纪纲,脉也；道德刑政,方与法也；人才,药也。夏之政尚忠,殷乘其弊而救之以质；殷之政尚质,周乘其弊而救之以文。秦用酷刑苛法以钳天下；天下苦之,而汉乘之以宽大,守之以宁一,其方与证对,其用药也无舛。天下之病,有不瘳者鲜矣。”
　　董思恭看后说道:“真圣人哉!郁离子以治病之理,说明历史朝代更替；以医道论及国事,独出心裁,妙哉。”后董思恭找到原医文,向云昭求教,从中也学到了些医药之术。在董思恭以后为官仕途中,其理事风格和采取的方法,时常闪现着医道之理。古人曾以医为喻,陈述治国之术:“治身犹治天下也。天下之乱,有由乎天者,有由乎人者。而人之病,有由乎先天者,有由乎后天者。先天之病,非其人之善养与服大药不能免于夭折,犹之天生之乱,非大圣大贤不能平也。”
　　全省勘丈,忠州第一个完成,得到了四川巡抚宪德的认可和赏识。在大计考核中,董思恭的考核结果是“卓异”,在全川110个县和众多的道、府、厅、州中,授为卓异的,全省仅11人。礼部侍郎邓钟岳写道:“天子以公为才,任知四川忠州七年,以治行擢……”
担任许州知州,四年两次觐见皇帝
　　《雍正朝朱批引见单》记载:七年三月内,四川巡抚宪德题请,调补直隶泸州知州。七月内,给咨赴部。九月内,吏部带领引见,奉旨调补河南直隶许州知州。邓钟岳写道:“……擢四川直隶泸州。入觐,上知公亲老家贫,改近地授河南直隶许州。”
　　董思恭任许州知州时,州内常遭受水患,百姓流离失所。他带头捐出养廉银赈灾,带领百姓兴修水利,轻徭薄赋；并变革时弊,使百姓安居乐业。他忠顺勤劳,平易宽厚,从不疾言厉色对待下属和百姓。但符合道义之处,他却挺拔特立,不肯屈从。他廉洁勤俭,始终如一,曾说:“我平生得益于‘忠孝恕’三字和坚守正道,故一生受用不尽。用要求别人的心思要求自己,用宽恕自己的心思宽恕别人,不用担心自己不会达到圣贤的境界。勤俭家庭可以让其廉洁,宽恕他人可以成就美德。”
　　雍正十一年(1733),官员考核董思恭又为卓异,河东总督王士俊荐举他勤政能干,清正廉明,政绩卓异。第二次赴京受皇帝接见。《雍正朝朱批引见单》记载:十一年大计,河东总督王士俊荐举卓异,于十二月内,给咨赴部。十二年四月二十日,吏部带领引见,奉旨补授河南新设许州府知府。