黄巾起义,军阀割据,各逞雄才霸一方,都打着自己的算盘。风雨飘摇中的刘汉江山能坐多久?他们招贤纳士,组织人才储备。郑玄成为各种势力争取的首要目标。汉献帝之中央朝廷、诸候国、袁绍、何进、董卓等多次征召,郑玄一一拒绝,专心注经。据现有文献记载,郑玄辞不就职的有9次,其中有这么几次分量颇重。
大赦后避战乱二入不其　拒绝大将军何进为官之邀
　　汉灵帝中平元年(184),郑玄57岁。春二月,黄巾起义爆发,史称“黄巾之乱”。
　　卢植此时已被朝廷任命为中郎将,奉命率军进攻黄巾军,被老乡巨鹿人张角打得大败,遭削职查办。董卓围剿黄巾军,也大败而归。一时朝野惊慌,风雨飘摇。
　　东汉王朝朝不保夕,大赦天下党人,郑玄也和他的“天下同党”因为朝廷一纸诏书集体开解禁锢。郑玄被禁锢的14年中,朝野发生了较大变化。
　　灵帝熹平四年(175),朝廷召诸经学博士订正今文经《五经》,刻于数百块石碑之上,立于洛阳太学门口。
　　青州是黄巾起义的主战场,北海郡是重灾区。刚刚大赦又遇战乱的郑玄,带领弟子们二入不其山。
　　郑玄因与公羊学鼻祖、今文学派大家何休的论战,以及14年潜心《三礼》注疏的传世,为当时“儒生所仰,群士楷式”。郑玄二入不其的次年,东莱各地是丰收之年,为郑玄办学提供了良好的生活条件,在不其的经学大业得以顺利发展。
　　黄巾军起义后,朝廷四面出兵捉襟见肘,深感缺乏仁人志士。国难思良将,世乱见忠臣,朝野上下呼唤能臣良将之声日高。郑玄为名垂乡国的在野大儒,成为各种势力争取的首要目标。
　　大将军何进,时屯兵都亭以镇京师,袁绍、曹操皆在其麾下为领军校尉。何进妹妹何皇后有宠于汉灵帝,何进贵为国舅,拥兵自重,对最高权力怀有野心,急需能臣辅佐。何进素闻郑玄大儒名望,便欲举郑玄来为官。调令下到州郡,难坏了地方官吏。因这以前,州郡也慕郑玄之名,数次光顾不其书院请他出山,同府为官,却都被郑玄婉言回绝,但如得罪权倾一时的何国舅,轻则贬官,重则杀头,所以只好找到郑玄做工作。郑玄闻知细情,两难之下,出于体谅州郡官吏难处,只好随州郡公车一同前往何大将军帐下。
　　何进让人专门为郑玄安放了几案拄杖,以显示对客人的尊重。
　　郑玄没有穿官府预先备好的朝服,一袭布衣麻鞋,头扎褪了色的旧幅巾,服饰如此不讲究,显然是对朝廷命官的不尊。何进嘴上不说,心中已有了三分不快。谈话中郑玄听出了何进不臣的野心和依仗国戚身份藐视天下豪杰的傲气,再三表示自己致力于注遍群经,恳请何大将军成全。
　　次日天未亮郑玄即乘车而返,不辞而别。考虑到郑玄名望甚高,何进没再追究。
　　郑玄懂得风侯数术,阅人无数,一眼看透何进的人性弱点。面对强压,从容不迫,当机立断,可谓大智大勇。
朝廷屡召授其高官要职　大儒一心注经皆婉言拒绝
　　郑玄于中平三年(186)从何进处离开,回到不其山。次年,朝廷三司府前后两度征辟郑玄入仕,郑玄皆以教授经业注经为由,辞不奉命。两年间,中央机构又多次邀请郑玄进入国家机构,都被郑玄婉言辞掉。
　　《后汉书·郑玄列传》载:“举贤良方正有道,辟大将军三司府,公车再召。”三司府,即三公太尉、司徒、司空的司令机关。并非郑玄不想为国家为朝廷出力,而是因为他看到朝廷太昏庸无道。
　　中平五年(188),朝廷诏书并征郑玄与荀爽、陈纪、韩融等14人为博士,郑玄称有病在身,辞不就任。
　　博士是汉朝官员职务,除讲经授徒外,还要参与朝廷议政,以使节身份出使他国,或巡视州郡,另一个职能是试贤举能,发现并选拔官员。“明于古今,温故知新,通达国体”的一代鸿儒巨贤,方能充当博士。
　　同一纸诏书征辟的博士荀爽,应征前往洛阳任职,其年纪与郑玄同。荀爽任职200多天,死于官位。范晔《后汉书·荀爽传·论》评论此事时说:“荀爽、郑玄、俱以儒行为处士,累征并谢病不诣,及董卓当朝,复备礼召之,玄竟不屈以全其高。”此次征诏,直授博士,故62岁的郑玄此后便得博士名。
　　灵帝中平六年(189),灵帝死。何太后临朝听政,袁隗为太傅。袁隗表郑玄为侍中。侍中,是尚书台的副职,官位不低,可以出入禁宫,为皇帝起草诏书,传达最高命令。郑玄借为其父服丧为名亦不应(郑玄父亲是灵帝中平六年去世的,应服丧三年)。
　　九月,董卓入主朝廷,立刘协为献帝。朝廷备礼召郑玄入朝为官,郑玄仍然没有应命赴诏。
　　汉献帝初平元年(190)三月,公卿赵谦、王允等又举荐郑玄为赵王刘乾之国相,郑玄以黄巾军又兴起、道路阻隔为由,未就职。此年,郑玄63岁。
召为大司农　中途求还乡
　　据《后汉书·郑玄列传》记载,建安三年(198),献帝令召郑玄为大司农,赐给安车一辆。接到任命诏书,郑玄到许都向朝廷报到,即以年迈多病力不从心为由,向献帝请求回故里养老。所过乡县州郡的朝廷命官,均应在所辖地界内以礼迎送。
　　实际上,郑玄仍未就职,只是借去京都报到,给了朝廷个面子,此后世人称郑玄官衔便改博士为“郑司农”。司农一职比博士大,大司农为中央的行政长官,掌管全国的租税赋役,相当于财税部长,官列重臣的“九卿”。
　　还有一说,郑玄在家拜受大司农后,因病未去许都报到,以年迈多病为由请求还乡,打道折返回高密老家。到与不到可存疑,朝廷任命过,郑玄没有就职,却是事实。
　　《抱朴子·逸民篇》载:“献帝时,郑康成州辟举贤良、方正、秀才,公府十四辟,皆不就。”据现有文献记载,郑玄辞不就职的有9次,余下5次皆不可考稽。
　　郑玄多次拒绝朝廷征辟,表现了他志向远大、气节清高的名士鸿儒情操,表明其拒绝与外戚、官宦集团同流合污的政治趋向。更重要的原因,他是有“念述先圣之元意,思整百家之不齐”的人生理想支撑,其志在经学而不在仕途,也只有未仕,才能使郑氏注五经典籍,流传至今,成就经学大业。