郑玄晚年时正是烽烟四起的三国初期。郑玄注的经已经成为天下儒生的教科书。各方豪杰都与他有所交往。孔融“深敬于玄,屣履造门”,把郑玄世代居住地命名为“郑公乡”；刘备向郑玄请教了他关心的法律问题；黄巾军数万人,见玄皆拜,经过高密也绕城而过。
避战乱隐居黉山　山洞中注《孝经》
　　汉献帝初平二年(191),郑玄在不其书院教授经书,战乱起,粮食匮乏,给养难以为继,他便遣散学生,师生挥泪而别。
　　郑玄第二次躲避黄巾之乱,来到淄川黉山,刊注《诗经》《尚书》。《淄川县志》卷六《人物传·侨寓》载:“郑玄……后游学淄川,居黉山,授生徒五百人,四方文学之士多宗焉。”
　　郑玄其后转移到徐州,自请安置在南城山(今山东平邑县境内)下,继续注经。他在其《孝经序》中说:“仆避难于南城山,栖迟岩石之下,念昔先人,余暇述夫子之志而注《孝经》。”郑玄还在徐州结交了徐州牧陶谦。
　　郑玄的《孝经注》魏晋时代主要在民间流传,东晋元帝时始登堂入室被官方认可,立于学官。唐玄宗曾亲自为《孝经》作注,多数引自郑注版本。
　　郑玄在徐州避难其间,有几件社会公共事件,曾引发他的感慨和议论。一是感叹蔡邕被诛杀。蔡邕生于士人世家,是汉末嫁于匈奴的蔡文姬的父亲。蔡邕好韵律经书,灵帝熹平四年(175),立于洛阳太学门旁的全套石经,正是蔡邕所书。郑玄比蔡邕大5岁,素知蔡文章之大名。得知其冤死狱中,郑玄仰天长叹,不胜感愤:“汉世之事,谁与正之!”
　　二是参与推荐朱俊为太师。面对动荡不安的政治局面,以陶谦为代表的较正直的官员,想推荐一个治国之能臣,收拾东汉的破碎山河。郑玄无官职,但在朝野很有影响力,以“博士”之名与诸刺史、太守、相国并列。郑玄久闻朱俊为干才,更懂得国难思能臣之理,故联名荐贤。
孔融拜访　为大儒修缮房屋
　　汉献帝初平二年(191),孔融就任北海相,《后汉书·郑玄列传》说:“国相孔融深敬于玄,屣履造门。”孔融一上任就急切地前去拜会郑玄。孔融比郑玄小26岁,二人成了忘年交。
　　孔融把郑玄高置于“公”的位置:“郑君好学,实怀明德……然则公者仁德之正号,不必三事大夫也。”因此把郑玄居住地命名为“郑公乡”。于是,“告高密县为玄特立一乡……”郑公乡因此沿袭至今,为高密阚家镇郑公村。孔融拜访郑玄时,见他的房舍和梓桐村的土围子门矮小窄狭,与大儒身份不配,决定要改。村围墙门改宽,加高加大。“矧乃郑公之德,而无驷牡之路!可广开门衢,令容高车,号为‘通德门’。”
　　《太平广记·名贤·郑玄》中提到:“郑玄在徐州,孔文举时为北海相,欲其返郡,敦请恳恻,使人继蹱。又教曰:郑公久游南夏,今艰难稍平,傥有归来之思,无寓人于室,毁伤其藩垣林木,必缮治墙宇以侯还。”孔融遣人为郑玄修缮了房屋院墙；一次次派人捎信请郑玄回高密。
　　郑玄历经周折回到乡里,看到居所焕然一新,能直通官车的大门楼上高悬着孔融亲笔所题“通德门”牌额,耳闻梓桐村已称“郑公乡”,内心感激。
刘备问策　以郑律大治蜀国
　　郑玄儿子郑益,23岁时孔融举其为孝廉。建安元年(196),黄巾军管亥围困孔融屯兵之城都昌(今昌邑),郑玄得知孔融被困,“急遣子益恩从家将兵奔救,遇贼见害,时年二十七也”。
　　郑玄在徐州曾与刘备、袁绍、曹操等人相遇。清皮锡瑞《经学历史·经学中衰时代》载:“昭烈帝尝自言周旋于郑康成间,盖郑君避地徐州时,昭烈为徐州牧,尝以师礼事之。”昭烈帝即刘备。献帝兴平元年(194),刘备为徐州牧,下车伊始,即去南城山下拜见郑玄,请教刑罚的宽严问题。
　　郑玄就当时天下大乱局势之现状,建议刘备乱世用重典。刘备在日后讨论到刑罚的宽严问题时,把郑玄的观点传达给了丞相诸葛亮。诸葛亮使用郑玄乱世严法的策略,治理蜀国,十年不赦免罪人,蜀国大治。
　　郑注律法,魏明帝曹叡规定全国以郑注为准。《晋书·刑法志》说:“天子于是下诏,但用郑氏章句,不得杂用余家。”经郑玄阐释的一些儒家法律原则,后订入封建法典之中。
应邀抵邺　袁绍敬其为上宾
　　据《后汉书·郑玄列传》记载,建安元年(196),郑玄收拾行装经卷,带领几个追随弟子,由徐州返回高密,途中遇上行军至此的黄巾军。弄明白车上老者为郑玄,黄巾军头领率万人队伍一起向郑玄礼拜。后来黄巾军经过高密时,绕城而过,没有攻城掠地。
　　建安二年(197),郑玄70岁,袁绍为大将军,遣将将郑玄请到邺城(今河北临漳县),并请来很多名流达士相陪。郑玄应邀而至,袁绍亲自以礼相迎,奉为上座,施以最高礼遇。
　　在场知郑玄者,多数敬重有加。也有见郑玄不过一介布衣,便生轻薄刁难之意。有人发难,郑玄不愠不火,对答如流,“咸出问表,皆得所未闻,莫不嗟服”。
　　应劭为袁绍同乡,曾任泰山太守,学问功底亦相当深厚。见发难者没难倒郑玄,便说:“故泰山太守应中远,北面称弟子何如?”郑玄沉着应对:“仲尼之门,考以四科,回、赐之徒,不称官阀。”意即既为儒生,师从的是经籍学问,谁表白过自己的官职?应劭听罢羞愧难当。
　　众宾客欲一试郑玄酒量,便推杯把盏,轮番上阵。饮三百杯,郑玄无醉意,幕僚们却趴了一地。“会须一饮三百杯”。李白的诗句即出典于此。
　　袁绍见郑玄此大贤大儒豪气干云,欲留其为幕僚,并许诺任命他为左中郎将,郑玄没有答应。
　　袁绍遭拒,虽心中不快,却并未怨恨。3年后与曹操对垒于官渡,袁绍又想招郑玄于军中,岂料郑玄在半路上就病逝了,袁绍闻此深感痛惜。传说,袁绍弥留之际,嘱人死后要与郑君为邻。因此,在高密郑玄墓南两公里处,至今有一古墓,当地人称“袁绍墓”。