蒋介石在潍期间,正值东北军面临改编。他上任参谋长的第一天,总司令部便接北京曲同丰及总统府秘书来电各一件,内容应为部队编遣问题。在其日记中,有两处涉及东北军编遣。北洋政府的编遣方案,与东北军将领的愿望相差甚远。
钦差大臣抵济磋商　军队编遣提上议程
　　前面提到,7月31日,蒋介石任东北军参谋长第一天,便“接北京曲同丰及总统府秘书来电各一件”。此两电内容,均应涉及部队改编问题。
　　早在7月初,讨袁军队的编遣问题就开始筹议。《顺天时报》曾报道,东北军总司令居正表示,“编练军队、协济款项各节,则一听中央处置”。
　　7月10日,山东籍参议员张鲁泉应召晋谒大总统黎元洪。黎元洪称,居正、吴大洲不日可得调京命令,其民军军队可核实编制,受山东督军指挥。愿退伍者,或有知识者,省长负调剂之责,并担任筹办善后款项等。
　　又有报道称,山东藉在京国会议员选派代表,晋见国务总理兼陆军总长段祺瑞,详陈山东省状况,建议政府妥善安置民军,“舍编制外无他法”,得到段祺瑞认可。
　　7月12日,黎元洪致电张怀芝转居正、吴大洲:“大局粗定,建设需才,二君深明大局,夙具良谟,尚乞玉驾,北来慰我景仰。”
　　7月14日,居正复电黎元洪:“拟即晋谒,面聆训示。国会方集,尤思到院,有所献替,以治军故致稽行期,恳予原宥。”
　　之前,居正因张树元派兵侵占临朐、安邱等地,数次交涉未果。居正得知,国务院7月8日给张怀芝的电报中,有“居、吴等迭次反复,立予剿除”等语。便在这份复电中质问黎元洪:“正以民党兴师讨贼,我公膺任,奉命按兵,迄今未动,何谓反复?张树元进兵夺地,屡电请命,未予解决,何罪更可剿除?”
　　黎元洪接到居正复电,即交段祺瑞阅看,问其缘由。段祺瑞“嗫嚅未答”,敷衍说,让国务院查明情况再报。
　　7月中下旬,居正对东北军进行整编,共编成两个师、一个混成旅,为北洋政府下一步改编做准备。
　　7月24日,报纸刊出军队调查数据,全国兵额110多万人,其中山东2.7万人。一周后,报端披露北洋政府《收束全国军队编定法》,其中正式陆军额定50万人,非正式陆军额定10万人,共计60万人。
　　当时全国22个省,还有10多个省级行政区域。东北军1.3万人,司令部驻周村的山东护国军1.2万人,两部民军合计2.5万人,与山东的政府军队不相上下。按照东北军及护国军的设想,编遣时民军要与现正式陆军统一待遇,政府方面根本不可能接受。
　　曲同丰到济后,即与山东督军张怀芝、省长孙发绪磋商,研究收束军事、编遣民军的办法。
　　7月31日一早,曲同丰与张怀芝、孙发绪联名致电中央,请速拨现款50万元,作为编遣经费。这天,东北军总司令居正到达济南。计划在此逗留数日,再赴北京。

山东民军善后,多次谈判未得结果
　　在济期间,居正与到济会合的吴大洲,分别与曲同丰会面。
　　曲同丰与居正谈得并不顺利,当时《民国日报》报道,曲同丰原以为可以圆满办理山东民军善后事宜,借此可以一跃升任督军,岂料“民军首领居正、吴大洲两人疑其权限,将该问题移于北京谈判,曲遂失其地位,懊丧非常”。
　　又有报道称,8月1日,居正与张怀芝、孙发绪、曲同丰协商东北军善后,但终“不得要领,须与中央直接谈判”。
　　居正、吴大洲赴京,是应大总统黎元洪的电召。曲同丰作为“钦差大臣”来山东,传达的是北洋政府的意图,不想居正、吴大洲两位并不给他面子。
　　居正深知交涉之难,赴京之前,再次嘱咐蒋介石搞好整军。蒋介石8月3日记道:“今日,接总司令由济南所发手谕——以竭力整顿军队为首要。”
　　8月3日,报端刊载两条消息,一是政府安插民军实行三项政策:解散,移垦、改编。二是东北军总司令居正及山东护国军司令吴大洲奉命晋京,磋商维持鲁省善后办法。
后一条消息称,“居、吴二君已允和平解决,遵令预备入京觐见。是日以来,潍县与周村等处秩序安宁照常。”
　　8月2日晚,居正、吴大洲与山东省政务厅长阮毓崧抵京。第二天,居正、吴大洲前往谒见大总统黎元洪,黎元洪对两人“慰勉备至”。在场的段祺瑞则表示,将给予东北军、护国军正式编制,“为鲁事之根本解决”。
　　其实,这些都是面子上的官话。段祺瑞承诺给民军编制,当无问题,关键是给多少编制。
　　有报道称,待山东民军编遣结束,将任命吴大洲为东南某省陆军师长；因为居正为湖北人,将任命居正为湖北省省长。　
　　8月9日,居正接受《顺天时报》记者采访,澄清传言:“今来北京,系仍就参议员之职,决无意于外任官吏。”
　　对段祺瑞之诺,居正没有理由怀疑。8月11日,许崇智、蒋介石接到居正电报,内容系“为曲同丰来潍,准其检阅事”。
　　许崇智立即召集蒋介石、朱霁青、陈中孚等将领开会讨论,最终决定:“不受其检阅,请总司令速回潍”。
编遣遇上麻烦,蒋介石慨叹不同心
　　短短数月,东北军从最初的千余人,发展到1.3万人。尽管士兵素质参差不齐,需要大力整顿、训练,但这支辛辛苦苦建立起来的队伍,一手交给北洋政府,前景如何,殊难预料。东北军将士不甘心,也不放心。
　　数天前,东北军总司令部接到孙中山的电报,内称:“鲁事得手,兄等劳多,现大局底定,当遵照通告平和解决,尤应服从居觉生兄主张,急办收束,不得固执己见,与政府再生冲突,致贻扰乱争权之诮。”
　　电报抬头为“中孚、霁青、子人、锡武、中玉诸兄鉴”。显然,东北军将领的情绪已经反映到孙中山那里。孙中山从大局考虑,做陈中孚、朱霁青、吕子人、尹锡武、赵中玉诸将领的思想工作。　
　　对于此况,蒋介石在8月11日的日记中慨叹:“当此外交、中央、周村三方面相与为难之际,若不同心一致,危险何似!”
　　蒋介石所说外交,是指与日本的关系。日本趁一战之际,从德国人手中夺去青岛及胶济铁路,起初承诺交换中国,但自1914年底占领后,将近两年,一直拖着不还。
　　周村,即司令部驻周村的山东护国军。东北军建立之初,此军为东北军的一个支队,奉命攻打周村。占领周村不久,吴大洲、薄子明便宣布成立山东护国军,脱离中华革命军东北军,吴大洲任都督,薄子明为总司令。官司打到孙中山处,孙中山指示居正,“宜联络,重实力,不必争旗帜名称等问题”,“望兄与吴、薄等调和”,但一直没有解决问题。山东护国军依然另立名号,与东北军不相往来；居正与吴大洲、薄子明两人面和心不合,在与北洋政府交涉编遣问题时,互不通气,各自为政,更谈不上相互携手。
　　中央一方面,则勿庸置言。蒋介石认为,“吾军今日之地位,如能联络中央,则一切难题不难立解。盖吾军之将来无论为改编及解散,非经中央承认不可也。否则,兵力未备,时机不正。财政困难,不特不能发展,且不能永久独立,为国为民,终以早日解决为是”。
　　显然,蒋介石的意见与孙中山、居正一致,与东北军诸将领相左。十分可惜,东北军被北洋政府编遣后,遭分化瓦解。东北军将领,有的愤而离职,有的惨遭杀害。