孙中山结束北方之行,继续筹划全国铁路建设等事宜。1913年3月,国民党代理理事长宋教仁被暗杀；7月,孙中山发动二次革命失败后再度避走日本,积蓄力量,准备三次革命。在东京,安邱籍的刘大同20多次向孙中山汇报、商讨工作。
孙中山组建新党　刘大同多次拜见
　　1913年8月8日,孙中山辗转来到日本,先住神户,后赴东京,由交往多年的日本友人头山满联系,租住头山满邻居海妻猪勇彦家的房子,地址是赤坂区灵南坂町27号。
　　二次革命再次失败,孙中山认识到国民党组织严重不纯,“同党人心涣散”。他决心重组新党,筹划三次革命。9月27日,初建的中华革命党吸收首批党员。
　　孙中山在日期间,日本警视厅派出便衣警察,以保护为名日夜监视。其呈送外务省的密报(以下称日方密报)记下了孙中山在日从事革命活动的资料。安邱人刘大同曾赴日本多次拜见孙中山。
　　刘大同原名建封,后改名大同,早期华兴会、同盟会员,比孙中山大1岁。1912年10月底任安图县知事的刘大同得悉武昌起义的消息,亦宣布举义,创建“大同共和国”,旋遭清军围击而败；南北议和后在大连组织平民社,秘密从事革命活动。1913年4月,刘大同等组织监督国会团失败,遭通缉；7月,响应二次革命举兵讨袁,事泄未成；8月,平民社被解散,遂东渡日本。
　　据日方密报,1913年11月17日,刘大同在孙中山寓所首次拜见孙中山。具体时间是下午3时20分至6时17分,交谈近3个小时。同去的还有湖北的刘英、赵鹏飞、向岩。刘英为同盟会湖北支部长；赵鹏飞为原鄂军都督府顾问,陆军少将；向岩曾任鄂军第八师参谋长、南京讨袁军第一师参谋长。
　　此后不到一个月,刘大同又6次与孙中山会谈,商讨革命计划,接受指示。这6次会谈分别是:11月22日下午3时15分至6时30分,23日下午5时至5时30分,24日下午3时至5时50分,25日下午4时5分至6时30分；12月5日下午5时至6时20分,13日下午4时5分至5时30分。其中3次与邱丕振同往。邱丕振为掖县人,早年留学日本,回国后曾在潍县创办济和制烟公司,筹措资金为革命作准备。武昌起义后参加光复登州,指挥攻克黄县。1913年秋赴上海参与讨袁,失败后转赴日本。
　　拜见孙中山期间,刘大同、邱丕振加入了中华革命党。1913年底,两人遵照孙中山指示回国,前往大连发展力量,筹备举义。日方密报称,“1914年1月1日晚10时10分,大连能登町57号的刘某来一函”。此函有可能是刘大同所写。
再举兵未获成功　刘大同重返东京
　　1914年1月23日,孙中山派陈其美回国,赴大连策划东北举事。陈其美很快与刘大同取得联系,刘大同等革命党人向陈其美报告东北情况,“要求举兵”。
　　不久,陈其美染上肺病住院治疗。当时经费缺乏,革命环境恶劣,陈其美认为东北举义时机并不成熟,遂将东北举义事宜交刘纯一负责,山东举兵事宜交刘大同负责,并给刘大同短枪40支,命其编队回鲁,自己返回日本。
　　3月15日,陈其美离开大连。刘大同是否回山东,史料无载。可以肯定的是,刘大同组织讨袁举义没有成功。
　　7月8日,中华革命党成立大会在东京秘密举行,孙中山宣布就任中华革命党总理。这年秋,刘大同带儿子刘次彭东渡日本。
　　据日方密报,9月17日下午4时50分,刘大同、刘次彭等人来到孙中山寓所。这是刘大同重回日本后第一次向孙中山报告几个月来的工作。20分钟后,刘大同、刘次彭辞别返回。
　　10月26日、11月2日、11月23日,刘大同三次到孙中山住处,商谈工作。
　　11月27日下午4时30分,孙中山步行到陈其美寓所,恰陈其美不在,孙中山又到芝区南佐久间町一丁目一号林蔚陆住处,与在这里的陈中孚、丁仁杰、刘大同面谈,5时20分返回。
　　之后,刘大同又三见孙中山,分别是11月30日、12月14日、12月21日。
　　1915年新年元旦,在东京的革命党人纷纷到孙中山寓所祝贺新年。日方密报,包括刘大同在内的36名中国人前往。
　　1月7日上午10时40分,刘大同又来到孙中山寓所,两人单独交谈45分钟。此前,刘大同每次见孙中山都是几个人一起面谈。这一回是孙中山首次与刘大同单独谈话,所谈内容当为东三省讨袁活动筹划问题。
　　1月14日,孙中山委任刘大同为中华革命党东三省支部长。1月30日,中华革命党军事部副部长周应时找到刘大同,与他讨论东北军事事宜。
　　周应时告诉刘大同,中华革命党总务部部长陈其美说,孙中山担心在东北起事牵涉日、俄交涉问题,“动辄荆棘,目下暂不办”。刘大同解释,运动这里的军队举事,属于内部事务,“无外交之可虑”,“且长江以南如有发动,无该处以响应之,亦非得策”。
　　周应时点头认可,并询问需要多少经费,并说明用途,再向孙中山汇报。
意见不同再谢客　总理大度宽包容
　　1月31日上午,周应时将与刘大同交谈情况向孙中山作了汇报。下午5时40分至6时20分,孙中山单独约谈刘大同。谈话内容应当还是东三省之事。
　　2月14日下午,陈其美与刘大同一起面见孙中山。刘大同10分钟后离开,陈其美与孙中山谈了3个多小时。4月14日,刘大同与班麟书等往见孙中山,因孙中山到了陈其美住所,没有见到。第二天,刘大同与班麟书等再去,孙中山“谢绝会见”。4月19日三人又往,孙中山与他们交谈近半个小时。
　　5月12日,刘大同与钟鼎、徐剑秋、宋涤尘等20人讨论如何解决生活困难问题,众推来自胶东的宋涤尘向孙中山反映情况。第二天下午,宋涤尘、刘大同到麻布区市兵卫町二丁目12号的民国社,与居正、蒋介石等谈及此事。下午2时40分,孙中山来到民国社,与他们交谈了1个多小时。
　　5月14日,刘大同、班麟书等12人到孙中山寓所,孙中山“谢绝接见”；7天后刘大同再来,还是没有见到孙中山。班麟书是长山县(今属淄博)人,早期同盟会员,曾参与指挥高密、诸城独立。二次革命失败后赴大连,与刘大同在东北相交。
　　5月23日上午11时30分,刘大同见到孙中山,相谈近半个小时。此后,日方密报中再无两人会面的记载。
　　孙中山为何几次谢绝接见刘大同等人?刘大同在《梅花吟》中写道,“余反对之,怒挥老拳”。刘大同的后人称,事发第二天,孙中山派人给刘大同送去皮帽和皮袄加以挽留,但刘没有答应。日方密报所记否定了这种说法。
　　其一,日方密报尽管对孙中山会见他人的谈话内容没有记载,但谈话间的表现却记得极详,如孙中山拿一份文件,在地图上比划等。其中,1915年9月15日记道:“不知何故,孙对何天炯异常生气”,“何虽深表内疚,孙仍不原谅,何颇不安”。如果两人争论激烈,甚至挥拳,不可能没有记载。其二,孙中山送皮帽和皮袄,事发当在秋冬季节。而此后的春季,两人依然来往如故。若事发1915年5月,送皮帽和皮袄又显得不合时宜。
　　据史料分析,刘大同与孙中山因看法不同产生误解当是事实,但还没到“挥拳”的地步。即使误会,孙中山还是以宽大的胸怀包容了这位大他1岁的战友。