七年之后,上级让孔繁森作为山东省援藏干部的总带队再次进藏。当时孔繁森87岁的老母亲生活不能自理,三个儿女正处在升学节骨眼儿上,这一次他真的很犹豫。经过反复而艰难的考虑,他最终做出了再次赴藏的决定。孔繁森解释说,我二次进藏,完全是个人自愿和对藏族人民的感情。
车祸留下终身残疾　收养灾区三个孤儿
　　1988年10月18日,孔繁森带领山东32名同志赴藏,又一次踏上了这片让他魂牵梦绕的高天圣土。第二次进藏后,吃饭问题仍不好解决,孔繁森就买了个大号高压锅和汽油炉子,自己做饭吃。他带着这批援藏干部,在拉萨休整了一个星期就下乡了,39天没回机关,没吃一次青菜,大部分时间都是吃糌粑、喝酥油茶,还吃了两顿风干的生肉。因为水土不服、饮食不习惯和高原反应,不到三个月,他们这32名干部中,就有7位同志住院,5位因适应不了高原环境提前返回山东。
　　高海拔环境不仅对健康产生严重影响,而且那里山高路险,道路狭窄,盘山弯道多,泥石流、雪崩随时都可能发生,恶劣的气候和复杂的交通,经常给人带来意想不到的生命危险。1989年11月,孔繁森驱车下乡检查工作,途中发生了车祸。在贡嘎机场附近,与一辆拖拉机相撞,车子翻到路边一个池塘里,幸亏水浅。人被甩在车外,头撞在石头上,血流满面。车祸造成他严重的脑震荡和颅底骨折。他在医院躺了十多天,还未完全康复就提前出院,带领考察组到北京、重庆、杭州、合肥等地16所中学看望藏族班的学生,病痛折磨着他,他却全然不顾。由于这次车祸没有得到彻底的治疗,孔繁森留下了脑震荡后遗症、右眼成像重影、颈腰损伤的终身残疾。
　　在拉萨工作期间,全市56所敬老院和社会福利院,他走访过48所。每次下乡他都携带着一个小药箱,自费购买高原常见病治疗药品,在工作之余,为缺医少药的农牧民送医送药。他每年在这上面的花费都有几千元,虽然对整个藏区人民的医疗需要来说是杯水车薪,但对每个具体的病人,往往关乎健康和生命。2016年,新闻采访组到岗巴采访,意外找到一位孔繁森吸痰救活的小男孩。他叫仁青,当年才两岁多。现在在岗巴县昌龙乡乃村务农,妻子叫央吉,他们生有一子一女,男孩吉罗,在北京中国石油大学上学。一说起孔繁森,他们一家人至今念念不忘,感恩之情溢于言表。
　　1992年,拉萨市墨竹工卡县发生地震,孔繁森七天七夜奋战在指挥抗震的现场,在直孔区羊日岗乡齐马卡村,领养了三个失去父母的藏族孩子(到阿里时带去了两个,曲尼被当时的一位市长收养)。因为他经常把工资接济贫困农牧群众,每个月的工资都不够花的,生活实在困难,不想给组织添麻烦,又不忍心给家里要钱。为了抚养这三个孩子,孔繁森就来到西藏军区总医院,假借洛珠的名字,三次卖血900毫升,用换来的900元钱补贴生活,给孩子上学和买营养品。如今,他收养的藏族孤儿均已成才。
继续留藏赴任阿里　除夕难掩思乡之情
　　三年以后,他工作期满,终于到了可以回家为母亲尽孝、照顾妻儿的时候,西藏自治区党委领导考虑,现任阿里地委书记由于身体原因,已经不适应继续在那里工作,急需有人接替。经过反复斟酌,认为孔繁森是最佳人选,征求他的意见。他经过反复权衡,再次做出了艰难的抉择,放弃了回家的机会,走向了海拔更高、离家更远、条件更艰苦、任务更艰巨的工作岗位。
　　赴任阿里,工作和生活条件就更加艰苦。阿里处在祖国的西部边陲,平均海拔4500多米,含氧量不足内地的60%,冬天则不到40%,号称世界屋脊的屋脊,是人类生命的禁区。面积32万平方公里,全地区约有6.5万人。上世纪九十年代初,地区驻地在狮泉河镇上,离拉萨1900多公里,从拉萨到地区,昼夜兼程,也要走五天以上才能赶到。这里四季风沙飞雪不断,一年有九个多月的冰冻期,冬季最冷时可达零下三十摄氏度,夏季最热时也不过十五六摄氏度。当地有句顺口溜:“天上无飞鸟,地上不长草；风吹石头跑,氧气吃不饱；八月下大雪,四季穿棉袄”。
　　1994年的春节,他没有回家看望母亲和妻子儿女,而是留在阿里与当地各族人民一起过节。当时我很受感动,还特意为他撰写了一副春联:“心系群众服务六万五,放眼世界立足四千三”,横批是“春风传情”,并亲手给他贴在了大门上。除夕之夜,孔繁森在慰问完各族老干部后,回到宿舍已经是深夜了,他一个人走到院子当中,面向东方跪倒在地,泪流满面,为亲人、为母亲祝福。直到公务员小梁看到了,才把他拉到屋里,这时,孔书记身上的泪滴已经结了冰。就在这个除夕之夜,孔繁森写下了这样的一首诗:“忆昔去年节,举杯齐度春。今日来边关,独弹心中弦。但见一抔土,思乡伤心肝。伤心复伤心,不忍珠泪弹。”他把对母亲最深沉的爱,转化成了对人民的无疆大爱。